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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】请问分子的氢键长度长度如何计算啊
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lorna639

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】请问分子的氢键长度长度如何计算啊

请问分子中的氢键长度怎么计算啊，实验上已经得出某个化合物内有氢键，并且已测出氢键长度，我用B3LYP/6-31G**方法对这个化合物进行优化和频率计算，然后发现我得到的结果和实验结果差得非常多，人家实验值是2点多，我得到的结果是4点多，还有的氢键实验结果是2.5多，我得到的结果却是9.8多，这是怎么回事啊，请各位帮忙了！多谢
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1楼 2009-04-07 15:20:03
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
计算的方法和基组的选择都会对构型优化有影响，因此要选可靠的方法和基组
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2楼2009-04-07 15:56:22
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lorna639

木虫 (著名写手)
那一般要选择什么方法和基组呢？
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3楼2009-04-07 16:00:58
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cysqxr

木虫 (小有名气)
★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
我觉得你的优化可能出现了问题，没有找到很好的构象，所以与实验差别很大。如果有晶体结构的话，拿它做优化最好。你用的方法和基组也还算可以。
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4楼2009-04-07 17:07:45
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lorna639

木虫 (著名写手)
我对这个化合物进行了几何优化和频率分析，没有发现虚频，这应该说明分子构型最稳定呀，你所说的好的构想指的是什么呀？多谢指教～
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5楼2009-04-07 18:37:27
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cysqxr

木虫 (小有名气)
一个分子可以有几个稳定的构象，每个都可以是个局部最低点，最好的构象一般是全局最低点。所以你找到的那个结构未必是最优构象。继续努力吧。
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6楼2009-04-07 18:52:46
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lorna639

木虫 (著名写手)
那请问怎么找全局最低点呢，我是初学者，能否指导一下？多谢赐教！

[ Last edited by yuhuobuku on 2009-4-8 at 09:03 ]
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7楼2009-04-07 19:20:33
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lorna639 at 2009-4-7 19:20:
那请问怎么找全局最低点呢，我是初学者，能否指导一下？多谢赐教！

[ Last edited by yuhuobuku on 2009-4-8 at 09:03 ]

看看说明书
最稳定结构，保证没需频，最好四个收敛标准都满足
另外你的方法精度是否够用，也会有误差的
但是一般误差没你那么大，你的太大了
可能还是构型有问题吧
至于方法和基组如果你不知道选择什么就看文献一般都用什么
找最近的文献看
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
8楼2009-04-08 09:03:44
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zhou2009

版主 (著名写手)

单位？

通常实验氢键长单位为“埃”，而GS会将单位换算成“波尔”进行计算和输出，
1波尔=0.5292埃
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9楼2009-04-08 09:15:22
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lorna639

木虫 (著名写手)
我看文献了，好像一般用MP2，但是我的分子比较大，我用MP2方法试了试，算不了。另外我看有的文章也有用B3LYP的
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10楼2009-04-08 09:15:58
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