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杞实很简单

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[交流] 【求助】使用FlexX进行小分子与受体蛋白的对接，配体不在我设置的活性空腔内

使用FlexX进行小分子与受体蛋白的对接，对接所得到的配体没有在我设置的活性空腔内。这是为什么呢？
我是按照教程来设置的对接参数。一共有33个小分子配体与受体对接，对接结果不理想：其中有4个配体没有对接到设置的Active Site里面，跑到外面来了；其余的配体都在活性空腔内。
请高手们给小弟一个讲解或者帮我分析一下这个问题产生的原因，谢谢了。有金币感谢哦。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:53 ]

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1楼 2009-04-07 11:33:00

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杞实很简单

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或者说——使用FlexX对接，通过对哪些参数的设置可以防止小分子配体对接到活性空腔（active site）的外面去？
我试过不同大小的结合空间，从6.5A到10A都试过，始终不进去。所以可以初步排除“结合空间太小而分子太大”。
配体小分子就完全没有进入空腔。我认为：理论上，如果配体分子太大了，那么应该总要进去一部分，而多余的就露在外面吧。但是它就是完全不进去。