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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】使用FlexX进行小分子与受体蛋白的对接,配体不在我设置的活性空腔内

使用FlexX进行小分子与受体蛋白的对接,对接所得到的配体没有在我设置的活性空腔内。这是为什么呢?
    我是按照教程来设置的对接参数。一共有33个小分子配体与受体对接,对接结果不理想:其中有4个配体没有对接到设置的Active Site里面,跑到外面来了;其余的配体都在活性空腔内。
    请高手们给小弟一个讲解或者帮我分析一下这个问题产生的原因,谢谢了。有金币感谢哦。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:53 ]
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

或者说——使用FlexX对接,通过对哪些参数的设置可以防止小分子配体对接到活性空腔(active site)的外面去?
    我试过不同大小的结合空间,从6.5A到10A都试过,始终不进去。所以可以初步排除“结合空间太小而分子太大”。
    配体小分子就完全没有进入空腔。我认为:理论上,如果配体分子太大了,那么应该总要进去一部分,而多余的就露在外面吧。但是它就是完全不进去。
2楼2009-04-07 16:27:38
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


杞实很简单(金币+1,VIP+0):谢谢。不过,我想知道“为什么”是这样,因为太多的指南、说明在讲解“是什么”,对于不同的研究体系并不能做出实质性的指导作用。 4-8 00:21
Box设置太大,4-6A就可以了。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
3楼2009-04-08 00:04:13
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

还是没有高手来解答吗?
我来顶一下
可不可能是没有考虑到配体的柔性呢?我指的主要是因为我的那几个没有进入活性位点的配体有个共通点——就是都有一个苯环,也许是苯环无法被折叠。
能否先把配体进行系统搜索,然后再来对接?
4楼2009-04-17 00:09:05
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★ ★ ★
杞实很简单(金币+1,VIP+0):感谢你的支持。帮忙顶下。 4-27 16:34
杞实很简单(金币+2,VIP+0):散尽财,求实验顺利。 6-13 01:45
支持你!
5楼2009-04-17 17:33:07
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

自己顶一下,有没有了解的,讲解一下。
6楼2009-06-03 11:03:25
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