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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】使用FlexX进行小分子与受体蛋白的对接，配体不在我设置的活性空腔内

使用FlexX进行小分子与受体蛋白的对接，对接所得到的配体没有在我设置的活性空腔内。这是为什么呢？
    我是按照教程来设置的对接参数。一共有33个小分子配体与受体对接，对接结果不理想：其中有4个配体没有对接到设置的Active Site里面，跑到外面来了；其余的配体都在活性空腔内。
    请高手们给小弟一个讲解或者帮我分析一下这个问题产生的原因，谢谢了。有金币感谢哦。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:53 ]
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1楼 2009-04-07 11:33:00
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
或者说——使用FlexX对接，通过对哪些参数的设置可以防止小分子配体对接到活性空腔（active site）的外面去？
    我试过不同大小的结合空间，从6.5A到10A都试过，始终不进去。所以可以初步排除“结合空间太小而分子太大”。
    配体小分子就完全没有进入空腔。我认为：理论上，如果配体分子太大了，那么应该总要进去一部分，而多余的就露在外面吧。但是它就是完全不进去。
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2楼2009-04-07 16:27:38
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
杞实很简单(金币+1,VIP+0):谢谢。不过，我想知道“为什么”是这样，因为太多的指南、说明在讲解“是什么”，对于不同的研究体系并不能做出实质性的指导作用。 4-8 00:21
Box设置太大，4-6A就可以了。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-04-08 00:04:13
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
还是没有高手来解答吗？
我来顶一下
可不可能是没有考虑到配体的柔性呢？我指的主要是因为我的那几个没有进入活性位点的配体有个共通点——就是都有一个苯环，也许是苯环无法被折叠。
能否先把配体进行系统搜索，然后再来对接？
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4楼2009-04-17 00:09:05
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qinqin837
★ ★ ★
杞实很简单(金币+1,VIP+0):感谢你的支持。帮忙顶下。 4-27 16:34
杞实很简单(金币+2,VIP+0):散尽财，求实验顺利。 6-13 01:45
支持你！
5楼2009-04-17 17:33:07
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
自己顶一下，有没有了解的，讲解一下。
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6楼2009-06-03 11:03:25
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