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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 倾家荡产只为改错
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chx15

银虫 (小有名气)

[交流] 倾家荡产只为改错

如题，现有B类错误两个以及C一个，望高手不吝赐教（新手金币不多，愿全部奉上，同时由于是新手所以希望尽量讲解详细，比如指令的使用以及其格式）错误如下：
242_ALERT_2_B Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for         N1
601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .     111.00 A**3
6_ALERT_4_C O-Atom in CIF Coordinate List out of Sequence ..         O1
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1楼 2009-04-06 08:33:58
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cxsky315

至尊木虫 (著名写手)

小木虫华南地区特派专员
看看，帮帮楼主顶哈......牛人怎么不来？？
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Love is a lamp,while friendship is the shadow.When the lamp is off,you will find the shadow everywhere.Friend is who can give you streng that last.
2楼2009-04-06 15:25:03
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 4-6 16:45
242_ALERT_2_B Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for         N1

N1的热参数和其周围的原子比起来太低. 首先要确定是N而不是氧. 如果确实是N, 则看看是否其周围的原子要做无序处理.

601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .     111.00 A**3

晶胞中海有些溶剂分子没有加, 把一些孤立的残余峰加成溶剂试试.

6_ALERT_4_C O-Atom in CIF Coordinate List out of Sequence ..         O1

检查一下O1的坐标, 是不是离别的原子比较远啊?
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xi2004-emuch@163.com
3楼2009-04-06 16:39:28
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chx15

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
洛阳学子(金币-5,VIP+0):代扣5个金币给xi2004 4-6 22:21
麻烦版主先将偶所有的5个BB发给XI2004前辈哦，3Q~~
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-4-6 16:39:
242_ALERT_2_B Check Low       Ueq as Compared to Neighbors for         N1

N1的热参数和其周围的原子比起来太低. 首先要确定是N而不是氧. 如果确实是N, 则看看是否其周围的原子要做无序处理.

601_ALERT ...

感谢前辈的指点，我的结构中有个硝基，N1 O1 O2是硝基的三个原子，O1 O2 的温度因子确实比较高，分别0.2 ，0.17了都，242_ALERT_2_B就是由于两个O的异常引起的吧，无序处理不太会哦，还麻烦前辈讲更细点，譬如指令以及相关参数设置或格式。另外我的结构中确实有溶剂存在，我用了platon/squeeze处理了一下，第二个B错误依然在，难道我非要把溶剂修出来？？
本人太穷哦，望xi2004前辈见谅了现全部金币奉上，接下了将继续奉上5个（有了再补上哦）

[ Last edited by chx15 on 2009-4-6 at 17:37 ]
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4楼2009-04-06 16:53:20
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
洛阳学子(金币+5,VIP+0):从chx15代扣的5个金币 4-6 22:22
金币无所谓的.
O1, O2看看.lst中有没有提示split. 如果没有,看看有没有残余峰在其周围.

你难道一定要投ACTA吗? 否则这个不一定管也可以的.

squeez的用法我不熟悉, 哪位给详细说说?
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xi2004-emuch@163.com
5楼2009-04-06 17:07:22
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chx15

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-4-6 17:07:
金币无所谓的.
O1, O2看看.lst中有没有提示split. 如果没有,看看有没有残余峰在其周围.

你难道一定要投ACTA吗? 否则这个不一定管也可以的.

squeez的用法我不熟悉, 哪位给详细说说?

前辈客气了，小小意思不成敬意，我还不知怎么给您呢，只能麻烦版主了，呵呵...
没有劈裂的提示，硝基出现这种情况应该算正常的吧，它本身就存在共振式的吧，加以讨论？？？如果要做无序处理我改怎么处理呢？？
我用SQUEEZ后产生HKP文件，然后改为HKL 并替换原来的HKL继续精修的
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6楼2009-04-06 17:15:41
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chx15

银虫 (小有名气)
另外说下，我的O旁边3.3A 有个较大的残余Q （0.69）其他的都在0.3一下
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7楼2009-04-06 17:19:28
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
paopaomeng(金币+2,VIP+0):xiexie 4-6 20:56
可发来数据帮你看看.
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xi2004-emuch@163.com
8楼2009-04-06 17:22:12
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chx15

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-4-6 17:22:
可发来数据帮你看看.

发res么？？最好是给我说说哦，不然下次又不会处理了，呵呵.....

[ Last edited by chx15 on 2009-4-6 at 17:35 ]
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9楼2009-04-06 17:26:19
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rfdmwxc

禁虫 (正式写手)

ACTA

★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 4-7 18:08
ACTA，如果不投ACTA无序不用处理了，如果不是较真的审稿人，可以接受的
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10楼2009-04-06 22:13:09
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