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ln79411749

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求教同源模建的RMSD值

求教同源模建的RMSD值在多少范围内是可以接受的?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:40 ]
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)


mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢! 4-2 11:46
同源模建的序列相似性应该不能少于30%,RMSD<1
2楼2009-04-01 08:31:51
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ln79411749

铜虫 (小有名气)

我做的模型RMSD值最小的也有2.17,如果进一步通过分子动力学等方法对模型进行优化有没有可能是RMSD值达到可以接受的范围以内呢?
3楼2009-04-01 14:40:24
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

RMSD是什么,我们用一个MSD 叫 mean square displacement  这两个 好像没有什么关系是不是
4楼2009-04-02 21:23:49
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ln79411749

铜虫 (小有名气)

RMSD是构建的模型与模板蛋白之间距离的均方根值,是评价同源模型的一种方法,只是我的模型构建的不好,RMSD值太大,不知道有没有继续进一步研究的意义?
5楼2009-04-04 09:01:15
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