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【求助】【求助】2008.10版本的VNL建模的问题 （5个金币做感谢）
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建模的时候遇到一个问题，请问在Molecular Bulider里面建立的模型，怎么直接（注意，是直接，不是坐标一个一个输入）导入到Bulk builder里面去？急求！ 第一个回到正确的奉上5个金币感谢帮忙！ |
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jinxiaoyun
木虫 (正式写手)
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6楼2009-07-17 13:32:32
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wuchenwf(金币+6,VIP+0):十分感谢 4-2 18:52
hora0212(金币+5,VIP+0):谢谢，还有个问题，在bulk输入文件里面，有句 a=4*Units.Angstrom，请问这行话怎么解释？谢谢 4-2 20:59
csfn(金币+5,VIP+0):希望经常来交流，最近计算综合版正在准备一个专栏写作的想法，欢迎你的加入:-) 6-21 07:49
wuchenwf(金币+6,VIP+0):十分感谢 4-2 18:52
hora0212(金币+5,VIP+0):谢谢，还有个问题，在bulk输入文件里面，有句 a=4*Units.Angstrom，请问这行话怎么解释？谢谢 4-2 20:59
csfn(金币+5,VIP+0):希望经常来交流，最近计算综合版正在准备一个专栏写作的想法，欢迎你的加入:-) 6-21 07:49
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Molecule Builder和Bulk Builder存出来的文件其实没啥大的区别。 先来看两个文件： CH4-mole.py from ATK.KohnSham import * # Define elements elements = [Carbon, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen] # Define coordinates coordinates = [[ 3.45550642e-09, 1.19410352e-05, -1.31631681e-05], [ -6.28788060e-01, 6.61296564e-01, 5.99709498e-01], [ 6.30445237e-01, -5.99739608e-01, 6.59760796e-01], [ 6.30352985e-01, 5.98024259e-01, -6.61261220e-01], [ -6.32010202e-01, -6.59723506e-01, -5.98052220e-01]]*Angstrom # Set up configuration molecule_configuration = MoleculeConfiguration(elements,coordinates) CH4-bulk.py from ATK.KohnSham import * # Select Bravais lattice and define lattice constants bravais_lattice = SimpleCubic( a=4*Units.Angstrom ) # Define bulk elements and unit cell coordinates elements = [Carbon, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen] coordinates = [[ 3.45550633e-09, 1.19410352e-05, -1.31631678e-05], [ -6.28788054e-01, 6.61296546e-01, 5.99709511e-01], [ 6.30445242e-01, -5.99739611e-01, 6.59760773e-01], [ 6.30352974e-01, 5.98024249e-01, -6.61261201e-01], [ -6.32010221e-01, -6.59723520e-01, -5.98052204e-01]]*Angstrom # Set up bulk configuration bulk_configuration = BulkConfiguration( bravais_lattice, elements, cartesian_coordinates=coordinates ) 你先把Molecule Builder建的模型保存为py文件，然后把上面绿色(分子结构)部分留着，头尾改一下仍旧存为py文件，再把这个文件拽到Bulk Builder图标上就行了。 VNL界面上没有“File open”这样的菜单，都是直接拽来拽去，刚开始我也很不习惯。 |
2楼2009-04-02 13:50:06
★ ★ ★ ★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):非常感谢兄弟的热情帮助，欢迎常来这里讨论 4-3 10:50
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢 6-10 21:32
zdhlover(金币+2,VIP+0):非常感谢兄弟的热情帮助，欢迎常来这里讨论 4-3 10:50
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢 6-10 21:32
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# Select Bravais lattice and define lattice constants bravais_lattice = SimpleCubic( a=4*Units.Angstrom ) 如注释所言，这是定义布拉维晶格参数；对于SimpleCubic(立方体)来说，只需要输入一个参数：边长 a=4埃。 你导入Bulk Builder之后，再重新修改晶格参数就行，这里仅仅是需要一个py文件的格式。 |
3楼2009-04-03 08:16:02
moueor
金虫 (小有名气)
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4楼2009-06-10 15:42:03
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