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hora0212

铜虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】【求助】2008.10版本的VNL建模的问题（5个金币做感谢）

建模的时候遇到一个问题，请问在Molecular Bulider里面建立的模型，怎么直接（注意，是直接，不是坐标一个一个输入）导入到Bulk builder里面去？急求！

第一个回到正确的奉上5个金币感谢帮忙！

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1楼 2009-03-31 11:24:25

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jieph

铜虫 (初入文坛)

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+6,VIP+0):十分感谢 4-2 18:52
hora0212(金币+5,VIP+0):谢谢，还有个问题，在bulk输入文件里面，有句 a=4*Units.Angstrom，请问这行话怎么解释？谢谢 4-2 20:59
csfn(金币+5,VIP+0):希望经常来交流，最近计算综合版正在准备一个专栏写作的想法，欢迎你的加入:-) 6-21 07:49

Molecule Builder和Bulk Builder存出来的文件其实没啥大的区别。

先来看两个文件：

CH4-mole.py
from ATK.KohnSham import *
# Define elements
elements = [Carbon, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen,
         Hydrogen]

# Define coordinates
coordinates = [[  3.45550642e-09, 1.19410352e-05,  -1.31631681e-05],
            [ -6.28788060e-01, 6.61296564e-01, 5.99709498e-01],
            [  6.30445237e-01,  -5.99739608e-01, 6.59760796e-01],
            [  6.30352985e-01, 5.98024259e-01,  -6.61261220e-01],
            [ -6.32010202e-01,  -6.59723506e-01,  -5.98052220e-01]]*Angstrom

# Set up configuration
molecule_configuration = MoleculeConfiguration(elements,coordinates)

CH4-bulk.py
from ATK.KohnSham import *

# Select Bravais lattice and define lattice constants
bravais_lattice = SimpleCubic(
a=4*Units.Angstrom
)

# Define bulk elements and unit cell coordinates
elements = [Carbon, Hydrogen, Hydrogen, Hydrogen,
         Hydrogen]
coordinates = [[  3.45550633e-09, 1.19410352e-05,  -1.31631678e-05],
            [ -6.28788054e-01, 6.61296546e-01, 5.99709511e-01],
            [  6.30445242e-01,  -5.99739611e-01, 6.59760773e-01],
            [  6.30352974e-01, 5.98024249e-01,  -6.61261201e-01],
            [ -6.32010221e-01,  -6.59723520e-01,  -5.98052204e-01]]*Angstrom

# Set up bulk configuration
bulk_configuration = BulkConfiguration(
bravais_lattice,
elements,
cartesian_coordinates=coordinates
)

你先把Molecule Builder建的模型保存为py文件，然后把上面绿色(分子结构)部分留着，头尾改一下仍旧存为py文件，再把这个文件拽到Bulk Builder图标上就行了。

VNL界面上没有“File open”这样的菜单，都是直接拽来拽去，刚开始我也很不习惯。

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FeelingofLiving.

2楼2009-04-02 13:50:06

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jieph

铜虫 (初入文坛)

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★ ★ ★ ★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):非常感谢兄弟的热情帮助，欢迎常来这里讨论 4-3 10:50
wuchenwf(金币+3,VIP+0):谢谢 6-10 21:32

# Select Bravais lattice and define lattice constants
bravais_lattice = SimpleCubic(
a=4*Units.Angstrom
)

如注释所言，这是定义布拉维晶格参数；对于SimpleCubic(立方体)来说，只需要输入一个参数：边长 a=4埃。

你导入Bulk Builder之后，再重新修改晶格参数就行，这里仅仅是需要一个py文件的格式。

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FeelingofLiving.

3楼2009-04-03 08:16:02

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