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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】分子模拟中的自由能该如何计算
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sydghyyh14

铁虫 (著名写手)

[交流] 【求助】分子模拟中的自由能该如何计算

生物背景的做蛋白质MD，看了物理化学还有一点统计热力学，好像应该先算配分函数，但是还是搞不清楚配分函数如何计算，有什么好的文献或者书籍请推荐，多谢指教。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:41 ]
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1楼 2009-03-30 09:43:12
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-30 19:57
Free energy calculation is a challenge problem in MD.
However, there are still many methods can do it:  
Perturbation method, Test particle method, Nonequilibrium method, Normal mode analysis.

FEP自由能微扰
ABF
伞形取样
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4楼2009-03-30 12:51:28
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q！ 3-30 11:08
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1132633&fpage=1 专贴 嘿嘿
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2楼2009-03-30 10:13:03
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 3-30 19:57
Chipot

Free Energy Calculations-Theory and Applications in Chemistry and Biology

对近20年来 自由能计算领域的主要方法的一个总结.
  这本书强烈推荐.
  当然可以分章节看.有些基础知识不够的话可以看

Understanding Molecular Simulation_From Algorithms to Applications
   Daan Frenkel and Berend Smit 2002
  是一本 分子模拟 基础性知识讲解的经典之作.

[ Last edited by superdirac on 2009-3-30 at 12:31 ]
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
3楼2009-03-30 12:23:55
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superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-30 19:58
FEP  free energy perturbation 自由能微扰
ABF  adaptive biasing force 自适应偏置力方法
US    umbrella sampling  伞形取样
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2009-03-30 14:10:24
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