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鸭梨要吃肉

新虫 (正式写手)

[交流] 微生物群落多样性测序是否需要取三份样品进行平行测序?

最近发现一些SCI论文微生物群落多样性测序,好像每个样品只测一次,但是一般做实验不是都要测三个平行样吗?难道多样性测序不需要测三个平行样?希望做过微生物多样性的前辈帮我解答一下。

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小马科研部落

新虫 (小有名气)


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8楼: Originally posted by 鸭梨要吃肉 at 2018-07-12 17:54:26
那就是说一般文献既没有做技术重复和生物学重复,是吗?
...

一般文献是做了生物学重复,比如实验有2组不同的处理,假设1组是健康组,1组是疾病组。文献中,一般健康组会取至少3个以上样本,疾病组也会是取3个以上样本。那么疾病组和健康组里的样本,可以看做是生物学重复。
微生物多样性检测,之所以不做技术重复,是因为里面分子实验和测序时都会存在随机误差,同1个样本,经过2次检测,即使是实验步骤和后续分析参数完全相同,其结果也不会完全相同的。

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9楼2018-07-13 10:04:14
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小马科研部落

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小冀-: 金币+3, 鼓励回帖交流 2018-07-12 22:00:16
是需要测平行的,但不是1个样本测3次。
而是1组内设置3个及以上样本,组内的3个及以上样本,就是设计的生物学平行。
另外在数据分析时,会分析组内的差异,也会分析组间的差异。
这样就会区别分组信息,是否合理了。
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2楼2018-07-09 14:14:17
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鸭梨要吃肉

新虫 (正式写手)

那意思就是一组里面设置3个或3个以上的同一样本,然后进行处理测序吗?

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3楼2018-07-10 12:15:45
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在水壹方

新虫 (小有名气)


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由于测微生物多样性测序,个体差异比较大,一般一组都是重复10次

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4楼2018-07-11 21:28:05
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鸭梨要吃肉

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4楼: Originally posted by 在水壹方 at 2018-07-11 21:28:05
由于测微生物多样性测序,个体差异比较大,一般一组都是重复10次

好的,谢谢了。那如果送出去做测多样性,一般有做这样的重复吗?我感觉我老师以前拿出去做的样品,人家没有做生物学重复。

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5楼2018-07-11 23:51:14
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鸭梨要吃肉

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引用回帖:
2楼: Originally posted by 小马科研部落 at 2018-07-09 14:14:17
是需要测平行的,但不是1个样本测3次。
而是1组内设置3个及以上样本,组内的3个及以上样本,就是设计的生物学平行。
另外在数据分析时,会分析组内的差异,也会分析组间的差异。
这样就会区别分组信息,是否合理 ...

谢谢,我现在懂了,我把生物学重复和技术重复搞混了。

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6楼2018-07-11 23:52:45
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引用回帖:
5楼: Originally posted by 鸭梨要吃肉 at 2018-07-11 23:51:14
好的,谢谢了。那如果送出去做测多样性,一般有做这样的重复吗?我感觉我老师以前拿出去做的样品,人家没有做生物学重复。
...

1个样本测1次,得到1个结果。
除非是客户要求,1个样本测2或3次,即2次或3次技术重复,当然这样也是需要另外收费的。

一般文献中,都是1个样本1个结果的,你找几篇文献看看,就明白了。
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7楼2018-07-12 16:01:59
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鸭梨要吃肉

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引用回帖:
7楼: Originally posted by 小马科研部落 at 2018-07-12 16:01:59
1个样本测1次,得到1个结果。
除非是客户要求,1个样本测2或3次,即2次或3次技术重复,当然这样也是需要另外收费的。

一般文献中,都是1个样本1个结果的,你找几篇文献看看,就明白了。...

那就是说一般文献既没有做技术重复和生物学重复,是吗?

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8楼2018-07-12 17:54:26
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鸭梨要吃肉

新虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 小马科研部落 at 2018-07-13 10:04:14
一般文献是做了生物学重复,比如实验有2组不同的处理,假设1组是健康组,1组是疾病组。文献中,一般健康组会取至少3个以上样本,疾病组也会是取3个以上样本。那么疾病组和健康组里的样本,可以看做是生物学重复。
...

好的,谢谢你,很详细。

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10楼2018-07-18 22:12:12
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