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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 考虑周期性边界条件怎么计算键角分布
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新虫 (初入文坛)

[求助] 考虑周期性边界条件怎么计算键角分布 已有1人参与

大家好，我是做熔盐分子动力学模拟的，用的是Forcite模块，现在在探索怎么根据最终得到的轨迹文件里的原子坐标计算键角分布，但是我如果要考虑周期性边界条件的话，不知道怎么去编程计算，如果考虑周期性边界条件，需要注意哪些吗，对周期性边界条件一直是一知半解，希望有大神能解惑，谢谢
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1楼 2018-07-05 09:16:55
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想发TOP

新虫 (初入文坛)
自己顶一下，各位大神能否指点一二，虫友们都是我的导师啊
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2楼2018-07-05 09:19:37
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xzz1007

金虫 (小有名气)
啥意思？
把卡在边缘的分子，先弄到一个周期里吧，具体的要看你的盒子大小了吧，统计一下坐标，然后小于周期一半的，看看是加还是减周期

有坐标了，计算角度也不是问题吧
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阳光总在风雨后，再坚持坚持吧.....
3楼2018-07-05 10:10:21
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想发TOP

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xzz1007 at 2018-07-05 10:10:21
啥意思？
把卡在边缘的分子，先弄到一个周期里吧，具体的要看你的盒子大小了吧，统计一下坐标，然后小于周期一半的，看看是加还是减周期

有坐标了，计算角度也不是问题吧

我的盒子大小是14埃左右，你的意思是小于周期一一半的原子坐标都要加盒子长度吗
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4楼2018-07-05 10:40:53
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想发TOP

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xzz1007 at 2018-07-05 10:10:21
啥意思？
把卡在边缘的分子，先弄到一个周期里吧，具体的要看你的盒子大小了吧，统计一下坐标，然后小于周期一半的，看看是加还是减周期

有坐标了，计算角度也不是问题吧

补充一下，我是想先计算配离子的类型，比如4配位，5配位，6配位三种类型的分布
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5楼2018-07-05 10:48:01
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
去读MD的书，搞清楚什么是周期边界和最小镜像约定以及近邻列表，然后自己编程。这是很容易的事情。不要什么都依赖于现成的软件包，做模拟的必须会自己熟练地使用至少一门语言编程解决问题。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2018-07-05 17:17:23
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想发TOP

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by brucefan at 2018-07-05 17:17:23
去读MD的书，搞清楚什么是周期边界和最小镜像约定以及近邻列表，然后自己编程。这是很容易的事情。不要什么都依赖于现成的软件包，做模拟的必须会自己熟练地使用至少一门语言编程解决问题。
...

有没有推荐的书呀，谢谢啦，我是想用MATLAB编程算的呀，苦于概念不清楚，无从下手
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7楼2018-07-06 11:10:57
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 想发TOP at 2018-07-06 11:10:57
有没有推荐的书呀，谢谢啦，我是想用MATLAB编程算的呀，苦于概念不清楚，无从下手...

自己去找。有很多书。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼2018-07-06 14:05:48
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新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by brucefan at 2018-07-06 14:05:48
自己去找。有很多书。
...

谢谢啦，非常感谢
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9楼2018-07-06 14:33:18
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