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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GROMACS中使用MARTINI力场进行粗粒化之后，氨基酸数量为什么会减少？
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shaxiu

新虫 (初入文坛)

[求助] GROMACS中使用MARTINI力场进行粗粒化之后，氨基酸数量为什么会减少？

大神们好！我在GROMACS中使用MARTINI力场对蛋白质进行粗粒化，但是粗粒化之后的氨基酸数量会减少，请问这是为什么呢？大家有没有遇到过类似的情况呢？怎么解决的呢？
比如：HSA.pdb中含有585个氨基酸，但是粗粒化之后只有578个氨基酸了。
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1楼 2018-06-26 16:42:51
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青青白白123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cjl123321 at 2018-07-02 13:32:21
粗粒化的全原子pdb结构里有martinize.py 不认识的残基。所以会少了哪些不认识的残基。因此你要先把全原子的结构弄成标准残基再粗粒化

请问全原子的结构如何转化成标准残基啊？
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5楼2019-04-11 10:28:25
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wyangdao

木虫 (正式写手)
换个力场试一试

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2楼2018-06-27 19:06:46
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shaxiu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wyangdao at 2018-06-27 19:06:46
换个力场试一试

您好，您的意思是说用MARTINI力场将蛋白质粗粒化之后氨基酸数量都会变少吗？那这个对整个蛋白质的影响大不大呢？
因为我对别的力场不太熟悉，还是决定用这个力场。
谢谢您！
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3楼2018-07-01 15:44:38
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cjl123321

铜虫 (正式写手)
粗粒化的全原子pdb结构里有martinize.py 不认识的残基。所以会少了哪些不认识的残基。因此你要先把全原子的结构弄成标准残基再粗粒化

发自小木虫Android客户端
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4楼2018-07-02 13:32:21
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