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分子模拟
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| 我是研究的KGM(聚合物、含有氢和氧)和水的水合过程,我先把KGM和水里的氢和氧分别set,设置成KH、KO、WH、WO,然后建盒子,MD模拟,用的是compassⅡ力场,NVT系统,10个kgm分子,2000个水分子。观察能量和温度图,看最后的轨迹平衡状态对应哪些帧,在最后通过forcite-analysis做RDF分析,在set里选择WH和WO,cutoff设置为盒子长度的一半,点击analysis得到std和xcd文件,在std文件里点击inter(WH-WO),发现g(r)都是0,模拟过程出错?还是别的问题? |
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