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推广楼304

新虫 (初入文坛)

[交流] R语言画PCA图,添加椭圆 已有2人参与

大家好;
     最近需要使用R语言画PCA图,而且要用椭圆把不同分组圈起来,请问椭圆怎么加啊。下面是看得网上的程序,但是不对,ellipse是加椭圆的命令,但是我画的图没有椭圆,是不是需要加载什么包啊。求教。

group = read.table("group.txt", header=F, row.names= 1, sep="\t"
otu_table_profile.sort = read.table("otu_table_profile.sort.txt", row.names= 1,  header=T, sep="\t"
idx = rownames(group) %in% colnames(otu_table_profile.sort)
sub_group = group[idx,]   ##idx组名
count = otu_table_profile.sort[, rownames(sub_group)]
otu.pca <- prcomp(t(count), scale. = TRUE)
ggbiplot(otu.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,groups = group$genotype, ellipse = TRUE,ellipse.prob = 0.68,labels =NULL, labels.size = 3, alpha = 1,var.axes = F)
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deephill

铁杆木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
感觉不太好画,椭圆在 ps中手工画,大小、位置随便设定
2楼2018-06-24 22:21:30
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推广楼304

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by deephill at 2018-06-24 22:21:30
感觉不太好画,椭圆在 ps中手工画,大小、位置随便设定

椭圆不是随便画的啊,是有置信区间的
3楼2018-06-25 09:16:20
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zeyuyong

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
ggplot可以画出来~我画过~

发自小木虫Android客户端
暂无
4楼2018-09-24 08:38:57
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