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汪锐11

金虫 (小有名气)

[求助] 解得晶体硫原子上少个氧是怎么回事?求大神帮忙! 已有1人参与

解得晶体用正确空间群解会少个原子(硫原子上应该有两个氧),试过用低空间群解,能得到完整结构,但不收敛,然后在升高空间群时,氧原子还会少,是怎么回事?用grow课已补全片段,但是一个碳原子上氢会增多。求大神解答,小弟不胜感激!@jackdeng@lich666
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  • 2018-06-19 20:06:58, 2.04 M

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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
汪锐11: 金币+30, ★★★很有帮助, 感谢小木虫平台上的多次帮助! 2018-06-20 07:42:23
分子正好处于对称面上,所以只显示一半,grow之后显示的是完整的结构

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  • 2018-06-19 20:40:02, 1.64 M

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2楼2018-06-19 20:40:38
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汪锐11

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by DJ_Tokyo at 2018-06-19 20:40:38
分子正好处于对称面上,所以只显示一半,grow之后显示的是完整的结构

我还有以下疑问:1、请问我怎么知道这种情况分子正好处于对称面?就只是因为少个原子但数据可以精修至收敛,并且可以通过grow得到少的部分?2、grow后氮甲基氢原子变成六个怎么办?我想画图看他们弱相互作用?直接删掉么?
3楼2018-06-20 07:40:30
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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 汪锐11 at 2018-06-20 07:40:30
我还有以下疑问:1、请问我怎么知道这种情况分子正好处于对称面?就只是因为少个原子但数据可以精修至收敛,并且可以通过grow得到少的部分?2、grow后氮甲基氢原子变成六个怎么办?我想画图看他们弱相互作用?直接 ...

grow之后,那个甲基上六个H,但是每个H的占有率是0.5,所以是6×0.5=3总共3个H,另外你去看分子式

这并不是说你的结构里少了个原子,因为你的结构的对称性,所以只需要精修一半的结构就好了

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4楼2018-06-20 07:52:54
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汪锐11

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by DJ_Tokyo at 2018-06-20 07:52:54
grow之后,那个甲基上六个H,但是每个H的占有率是0.5,所以是6×0.5=3总共3个H,另外你去看分子式

这并不是说你的结构里少了个原子,因为你的结构的对称性,所以只需要精修一半的结构就好了...

那如果用mecury作图,看分子间相互作用时,甲基上的氢也不用删除么?不删除感觉看起来怪怪的。陈小明老师书上有这部分讲解么?谢谢!
5楼2018-06-20 08:28:59
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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 汪锐11 at 2018-06-20 08:28:59
那如果用mecury作图,看分子间相互作用时,甲基上的氢也不用删除么?不删除感觉看起来怪怪的。陈小明老师书上有这部分讲解么?谢谢!...

作图时删除grow出来的H就好了
6楼2018-06-20 08:42:12
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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 汪锐11 at 2018-06-20 08:28:59
那如果用mecury作图,看分子间相互作用时,甲基上的氢也不用删除么?不删除感觉看起来怪怪的。陈小明老师书上有这部分讲解么?谢谢!...

32页“3.3.4 不对称单元”

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7楼2018-06-20 08:47:47
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汪锐11

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by DJ_Tokyo at 2018-06-20 08:47:47
32页“3.3.4 不对称单元”...

非常感谢!又学到了不少知识。
8楼2018-06-20 08:50:04
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