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小猪100110

新虫 (初入文坛)

[交流] 更新lammps为18版本后,进行计算时出现无效原子ID 已有1人参与

更新lammps为18版本后,进行计算时出现
ERROR on proc 1: Invalid atom ID in Dihedrals section of data file (../atom.cpp:1167)
Last command: read_data            ${fname}
这个错误,之前用17版计算时就不会出错,请问各位大神,是什么原因啊?特别着急,都好久没有解决了。。。。
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apm0SPE

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
手上没有18版的lammps,不过看github上这个错误在atom.ccp:1165而不是1167,代码如下:
    if ((atom1 <= 0) || (atom1 > map_tag_max) ||
        (atom2 <= 0) || (atom2 > map_tag_max) ||
        (atom3 <= 0) || (atom3 > map_tag_max) ||
        (atom4 <= 0) || (atom4 > map_tag_max) ||
        (atom1 == atom2) || (atom1 == atom3) || (atom1 == atom4) ||
        (atom2 == atom3) || (atom2 == atom4) || (atom3 == atom4))
      error->one(FLERR,"Invalid atom ID in Dihedrals section of data file";
拿了一个贼早的版本,相应代码如下:
    if (atom1 <= 0 || atom1 > map_tag_max ||
        atom2 <= 0 || atom2 > map_tag_max ||
        atom3 <= 0 || atom3 > map_tag_max ||
        atom4 <= 0 || atom4 > map_tag_max)
      error->one(FLERR,"Invalid atom ID in Dihedrals section of data file";
所以说,我猜测18版本的lammps中二面角4个原子数不能相等
2楼2018-06-20 19:37:21
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小猪100110

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by apm0SPE at 2018-06-20 19:37:21
手上没有18版的lammps,不过看github上这个错误在atom.ccp:1165而不是1167,代码如下:
    if ((atom1 &lt;= 0) || (atom1 &gt; map_tag_max) ||
        (atom2 &lt;= 0) || (atom2 &gt; map_t ...

谢谢您的帮助,我之前看到这个文件了,但是不清楚4个原子代表的是什么意思,可以再指导我一下吗?十分感谢
3楼2018-06-20 20:52:29
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