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renwenpo

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】判断平衡

MD研究溶液体系,如何判断溶液达到平衡,有什么判断标准和依据么?
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sss3012

银虫 (正式写手)


renwenpo(金币+1,VIP+0):谢谢 3-26 10:33
看能量,能量达到最小值时应该就是平衡的条件
2楼2009-03-26 09:23:07
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qasd

木虫 (著名写手)


renwenpo(金币+1,VIP+0):谢谢 3-26 10:33
势能相对稳定
3楼2009-03-26 09:23:19
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renwenpo

金虫 (小有名气)

我做的是溶质在溶液中的构象,看能量的话,一般几十ps就稳定了,但这样的模拟时间相对较短,还有没有更好的判断方法?
4楼2009-03-26 10:32:46
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qasd

木虫 (著名写手)


wuchenwf(金币+1):谢谢
小分子?那很正常
5楼2009-03-26 14:37:47
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 17:35
renwenpo(金币+2,VIP+0):谢谢 3-27 08:08
通常来讲,MD在给定条件下运行至能量、温度等波动很小的时候就算达到平衡了。常用的标准是波动小于正负5%。这是过去常用的,现在我觉得计算能力提高了,可以再要求严格一点,大概波动小于3%吧。也就是说,你视为平衡,并用于做统计平均的那些构型,能量或温度等计算中不断波动的量,波动范围不应大于正负3%。对于压力,因为不容易算准,可以用5%吧。呵呵。


但是现在,很少有人去真正论证是否平衡的问题。我觉得如果统计平衡性质,步数(时间)应该尽量做长一些,当然是越长越好,看你的计算机能力了。
6楼2009-03-26 17:09:19
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
qasd(金币+1,VIP+0):谢谢,期待更多参与讨论~ 3-26 17:36
renwenpo(金币+3,VIP+0):谢谢 3-27 08:08
我以上说的是简单的判定平衡的标准,供自己掌握,但如果要严格讨论,这5%或3%就上不了台面了。实际上如果严格讨论,也有一些“参数”可以参考的,详情可见
A.R.Leach, Molecular Modelling-- principles and applications 一书的第5.6节" Monitoring the equilibration"。也许其它的书上也有介绍吧。
7楼2009-03-26 17:16:09
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