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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】判断平衡
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renwenpo

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】判断平衡

MD研究溶液体系，如何判断溶液达到平衡，有什么判断标准和依据么？
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1楼 2009-03-26 08:05:45
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sss3012

银虫 (正式写手)
★
renwenpo(金币+1,VIP+0):谢谢 3-26 10:33
看能量，能量达到最小值时应该就是平衡的条件
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2楼2009-03-26 09:23:07
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qasd

木虫 (著名写手)
★
renwenpo(金币+1,VIP+0):谢谢 3-26 10:33
势能相对稳定
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3楼2009-03-26 09:23:19
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renwenpo

金虫 (小有名气)
我做的是溶质在溶液中的构象，看能量的话，一般几十ps就稳定了，但这样的模拟时间相对较短，还有没有更好的判断方法？
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4楼2009-03-26 10:32:46
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢
小分子？那很正常
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5楼2009-03-26 14:37:47
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):谢谢 3-26 17:35
renwenpo(金币+2,VIP+0):谢谢 3-27 08:08
通常来讲，MD在给定条件下运行至能量、温度等波动很小的时候就算达到平衡了。常用的标准是波动小于正负5%。这是过去常用的，现在我觉得计算能力提高了，可以再要求严格一点，大概波动小于3%吧。也就是说，你视为平衡，并用于做统计平均的那些构型，能量或温度等计算中不断波动的量，波动范围不应大于正负3%。对于压力，因为不容易算准，可以用5%吧。呵呵。


但是现在，很少有人去真正论证是否平衡的问题。我觉得如果统计平衡性质，步数（时间）应该尽量做长一些，当然是越长越好，看你的计算机能力了。
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6楼2009-03-26 17:09:19
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
qasd(金币+1,VIP+0):谢谢，期待更多参与讨论~ 3-26 17:36
renwenpo(金币+3,VIP+0):谢谢 3-27 08:08
我以上说的是简单的判定平衡的标准，供自己掌握，但如果要严格讨论，这5%或3%就上不了台面了。实际上如果严格讨论，也有一些“参数”可以参考的，详情可见
A.R.Leach, Molecular Modelling-- principles and applications 一书的第5.6节" Monitoring the equilibration"。也许其它的书上也有介绍吧。
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7楼2009-03-26 17:16:09
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