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【求助】相互作用能模拟
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溶剂分子和溶质分子相互作用能模拟过程是否如下？请各位好手指教 1）首先，建各自分子结构，优化 2）然后，分别对纯溶剂、纯溶质以及溶剂-溶质混合体系建周期性盒子。 3）其次，跑动力学。这里系综怎么选取？到底该用NVT5ps+NVT200ps,还是NVT5ps+NPT200ps，还是直接NPT200ps? 4）提取数据。这个地方该用轨迹文件中的non-bond平均值，还是将动力学最后一帧拷贝出来直接Energy？或是其他 5）根据公式 溶剂和溶质之间的相互作用能= 溶剂-溶质混合体系作用能--溶剂作用能--溶质作用能 不知道以上的模拟过程，还有其中的一些具体操作有无特别注意的地方，请各位大侠帮忙？ [ Last edited by lei0736 on 2009-3-26 at 08:48 ] |
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