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浮生若惊梦

金虫 (小有名气)

[求助] 求助数据的处理,对照组为1时,对照组的标准偏差为啥不是0? 已有1人参与

RT-PCR处理数据,柱状图中,用倍数表示各处理组与对照组关系时,对照组数值为1,但为何还有标准偏差?想知道具体原理和处理过程,望各位大佬不吝赐教!十分感谢!
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痴傻愚顽,诸般不破
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浮生若惊梦

金虫 (小有名气)

自顶下,求助啊!
痴傻愚顽,诸般不破
2楼2018-05-16 20:31:53
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用户晓晓

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
浮生若惊梦: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 讲得很好! 2018-05-16 23:53:15
对照组的1其实是归一化而来的,不是一个真实的表达量,而且是由对照组中的N个个体重复共同决定的,同样是一个平均值,肯定也有标准差,那这个标准差反应的就是对照组的组内差异!

具体的计算:fold change这种计算的核心思想就是计算-ddCT时要减去对照组的平均值,这样导致对照组都是每个个体减去自己的平均值,那么对照组的-ddCT的平均值是0,那么2-0次方的值就是1。所以最终的结果对照组平均值就是1,其他组是根据对照组计算而来,其实就是与对照组的比值,所以这种思想叫做fold change。

祝楼主实验顺利!
3楼2018-05-16 23:05:59
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浮生若惊梦

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 用户晓晓 at 2018-05-16 23:05:59
对照组的1其实是归一化而来的,不是一个真实的表达量,而且是由对照组中的N个个体重复共同决定的,同样是一个平均值,肯定也有标准差,那这个标准差反应的就是对照组的组内差异!

具体的计算:fold change这种计 ...

非常感谢!真的是江湖救急了!
另外,可以简单介绍下归一化吗?谢谢!
痴傻愚顽,诸般不破
4楼2018-05-16 23:53:48
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用户晓晓

木虫 (正式写手)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2018-05-17 07:52:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 浮生若惊梦 at 2018-05-17 03:53:48
非常感谢!真的是江湖救急了!
另外,可以简单介绍下归一化吗?谢谢!...

其实我说的归一化也不准确,这种计算方法是相对定量,都是相对于内参基因的表达量,只是计算时都共同减了同一个数值(对照组平均值,或者所有组的平均值,或者最大值最小值都是OK的),所以具有了可比性。

发自小木虫Android客户端
5楼2018-05-17 00:05:32
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浮生若惊梦

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 用户晓晓 at 2018-05-17 00:05:32
其实我说的归一化也不准确,这种计算方法是相对定量,都是相对于内参基因的表达量,只是计算时都共同减了同一个数值(对照组平均值,或者所有组的平均值,或者最大值最小值都是OK的),所以具有了可比性。
...

是的,之前为了比较fold change,确实计算的是相对定量。现在大概明白了,非常感谢哈!
痴傻愚顽,诸般不破
6楼2018-05-17 10:05:48
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