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dna测序结果怎么判断两端不可信的碱基呢?
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peccatum
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dna测序结果怎么判断两端不可信的碱基呢?
我知道前20到50bp以及800bp之后有不可信的序列,但是那些什么双峰套峰啥的就不太了解了。完全看不出来来700bp到800bp之间到底应该从多少开始是不可信的,有没有什么系统一些的教程呢?
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5楼
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Originally posted by
peccatum
at 2018-05-12 21:56:14
我现在是打算先otu聚类的,那么能不能这样呢,因为otu要求序列两端必须是截齐的,我直接把序列截到最小的800bp? 比如一个800bp可信,另一个850bp可信,那最后otu聚类的话肯定也是要截成800bp的吧
...
嗯,这种情况下,这样处理肯定是可靠的
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6楼
2018-05-12 21:58:02
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我展开说一下吧,就是我划分不太清这个界限,感觉700bp之后信号强度弱了,就分不出来到底有多可信了,任意一段连续的重复碱基我都怀疑是不是不准
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2楼
2018-05-12 18:30:10
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你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下
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peccatum
3楼
2018-05-12 19:33:36
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3楼
:
Originally posted by
snmrna
at 2018-05-12 19:33:36
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下
那个,这个方法我试了,blast选了一个相似度99的,结果到900多还都基本一致……但是我看峰图800多信号就很差了
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4楼
2018-05-12 21:44:05
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