24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1446  |  回复: 5

peccatum

新虫 (初入文坛)

[交流] dna测序结果怎么判断两端不可信的碱基呢?

我知道前20到50bp以及800bp之后有不可信的序列,但是那些什么双峰套峰啥的就不太了解了。完全看不出来来700bp到800bp之间到底应该从多少开始是不可信的,有没有什么系统一些的教程呢?

发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peccatum

新虫 (初入文坛)

我展开说一下吧,就是我划分不太清这个界限,感觉700bp之后信号强度弱了,就分不出来到底有多可信了,任意一段连续的重复碱基我都怀疑是不是不准

发自小木虫IOS客户端
2楼2018-05-12 18:30:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snmrna

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下

发自小木虫IOS客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2018-05-12 19:33:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peccatum

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-05-12 19:33:36
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下

那个,这个方法我试了,blast选了一个相似度99的,结果到900多还都基本一致……但是我看峰图800多信号就很差了

发自小木虫IOS客户端
4楼2018-05-12 21:44:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peccatum

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-05-12 19:33:36
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下

我现在是打算先otu聚类的,那么能不能这样呢,因为otu要求序列两端必须是截齐的,我直接把序列截到最小的800bp? 比如一个800bp可信,另一个850bp可信,那最后otu聚类的话肯定也是要截成800bp的吧

发自小木虫IOS客户端
5楼2018-05-12 21:56:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snmrna

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by peccatum at 2018-05-12 21:56:14
我现在是打算先otu聚类的,那么能不能这样呢,因为otu要求序列两端必须是截齐的,我直接把序列截到最小的800bp? 比如一个800bp可信,另一个850bp可信,那最后otu聚类的话肯定也是要截成800bp的吧
...

嗯,这种情况下,这样处理肯定是可靠的

发自小木虫IOS客户端
6楼2018-05-12 21:58:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 peccatum 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然评分 +4 无名者登山 2026-05-20 5/250 2026-05-21 16:35 by swuq
[基金申请] 国自然上会要求 +7 无名者登山 2026-05-18 11/550 2026-05-21 15:50 by draco1987
[论文投稿] 投稿求助,期刊 +4 希冀,有书读 2026-05-20 6/300 2026-05-21 15:09 by 982564
[基金申请] 面上本子正文33页,违规吗?会被低分嘛? +13 1234567wang 2026-05-17 15/750 2026-05-21 14:36 by 一碗砂锅米线
[基金申请] 提交了我也来说说感想 +9 fummck 2026-05-20 10/500 2026-05-21 14:17 by draco1987
[基金申请] 今年审到国自然15份,谈谈感受 +21 国自然国社科中 2026-05-17 22/1100 2026-05-21 09:37 by 2000zf36392
[论文投稿] Sci. Bull. 悲剧经验 +7 jyang1999 2026-05-16 8/400 2026-05-21 08:50 by 能丫
[基金申请] 河北省自然科学基金 +4 Peterchao 2026-05-18 4/200 2026-05-21 08:17 by articlefan
[文学芳草园] 献血感触 +7 呀呀好傻 2026-05-19 12/600 2026-05-21 07:08 by maolC
[有机交流] 反应很差,大量原料没有反应 5+3 Mr.Zot 2026-05-19 8/400 2026-05-20 22:19 by Equinoxhua
[考博] 如果工作了想读博,可以边工作边读全日制嘛? 30+3 铁达火车 2026-05-18 5/250 2026-05-20 09:33 by tfang
[有机交流] 如何实现卤原子转化 +3 BT20230424 2026-05-15 8/400 2026-05-20 09:32 by xtlilibin
[教师之家] 上海大学实验技术岗位非升即走 +12 嘻嘻哈哈乐呵呵 2026-05-15 13/650 2026-05-20 08:34 by xli1984
[考博] 找博士生导师 +6 小代想上岸 2026-05-15 7/350 2026-05-19 10:22 by free_fisher
[基金申请] 同样的基金本子,换个专家直接从C变A! (金币-10) +3 国自然国社科中 2026-05-19 3/150 2026-05-19 08:50 by Equinoxhua
[考博] 2026博士还有哪些学校有名额 +7 小王求读研 2026-05-15 8/400 2026-05-19 08:27 by zhyzzh
[考博] 博士申请 +5 星…… 2026-05-18 6/300 2026-05-18 23:49 by 糊糊涂涂好
[硕博家园] 我在等一个没有答案的答案 +3 Love_MH 2026-05-17 3/150 2026-05-18 02:22 by 竹林孤影
[文学芳草园] 半夜喝咖啡 +3 myrtle 2026-05-15 5/250 2026-05-18 01:03 by 小沈2018
[硕博家园] 申请博士 +3 呃?呃 2026-05-15 3/150 2026-05-16 11:01 by a4742549
信息提示
请填处理意见