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peccatum

新虫 (初入文坛)

[交流] dna测序结果怎么判断两端不可信的碱基呢?

我知道前20到50bp以及800bp之后有不可信的序列,但是那些什么双峰套峰啥的就不太了解了。完全看不出来来700bp到800bp之间到底应该从多少开始是不可信的,有没有什么系统一些的教程呢?

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peccatum

新虫 (初入文坛)

我展开说一下吧,就是我划分不太清这个界限,感觉700bp之后信号强度弱了,就分不出来到底有多可信了,任意一段连续的重复碱基我都怀疑是不是不准

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2楼2018-05-12 18:30:10
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下

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3楼2018-05-12 19:33:36
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peccatum

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-05-12 19:33:36
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下

那个,这个方法我试了,blast选了一个相似度99的,结果到900多还都基本一致……但是我看峰图800多信号就很差了

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4楼2018-05-12 21:44:05
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peccatum

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-05-12 19:33:36
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降,可以辅助判断一下

我现在是打算先otu聚类的,那么能不能这样呢,因为otu要求序列两端必须是截齐的,我直接把序列截到最小的800bp? 比如一个800bp可信,另一个850bp可信,那最后otu聚类的话肯定也是要截成800bp的吧

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5楼2018-05-12 21:56:14
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by peccatum at 2018-05-12 21:56:14
我现在是打算先otu聚类的,那么能不能这样呢,因为otu要求序列两端必须是截齐的,我直接把序列截到最小的800bp? 比如一个800bp可信,另一个850bp可信,那最后otu聚类的话肯定也是要截成800bp的吧
...

嗯,这种情况下,这样处理肯定是可靠的

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6楼2018-05-12 21:58:02
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