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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » dna测序结果怎么判断两端不可信的碱基呢？
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peccatum

新虫 (初入文坛)

[交流] dna测序结果怎么判断两端不可信的碱基呢？

我知道前20到50bp以及800bp之后有不可信的序列，但是那些什么双峰套峰啥的就不太了解了。完全看不出来来700bp到800bp之间到底应该从多少开始是不可信的，有没有什么系统一些的教程呢？

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1楼 2018-05-12 18:26:51
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peccatum

新虫 (初入文坛)
我展开说一下吧，就是我划分不太清这个界限，感觉700bp之后信号强度弱了，就分不出来到底有多可信了，任意一段连续的重复碱基我都怀疑是不是不准

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2楼2018-05-12 18:30:10
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降，可以辅助判断一下

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peccatum
3楼2018-05-12 19:33:36
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peccatum

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-05-12 19:33:36
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降，可以辅助判断一下

那个，这个方法我试了，blast选了一个相似度99的，结果到900多还都基本一致……但是我看峰图800多信号就很差了

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4楼2018-05-12 21:44:05
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peccatum

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-05-12 19:33:36
你blast一下看看头尾到哪里就开始相似性骤降，可以辅助判断一下

我现在是打算先otu聚类的，那么能不能这样呢，因为otu要求序列两端必须是截齐的，我直接把序列截到最小的800bp？ 比如一个800bp可信，另一个850bp可信，那最后otu聚类的话肯定也是要截成800bp的吧

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5楼2018-05-12 21:56:14
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by peccatum at 2018-05-12 21:56:14
我现在是打算先otu聚类的，那么能不能这样呢，因为otu要求序列两端必须是截齐的，我直接把序列截到最小的800bp？ 比如一个800bp可信，另一个850bp可信，那最后otu聚类的话肯定也是要截成800bp的吧
...

嗯，这种情况下，这样处理肯定是可靠的

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6楼2018-05-12 21:58:02
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