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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock 力场优化 急求
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Yolanda肉肉

新虫 (初入文坛)

[求助] Autodock 力场优化 急求 已有2人参与

小白一名，想问问有没有大神知道autodock这个软件是不是可以对接小分子和DNA，另外，如果可以是否需要利用别的软件首先进行力场优化，还是说直接做就可以，或者说autodock自己可以进行优化，目前有DNA pdb版的三维结构图以及小分子的结构图，实在是小白之前完全没接触过急求，万分感谢
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1楼 2018-05-12 00:12:40
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小米嘉

木虫 (小有名气)
你有没有试着对接过？

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……
2楼2018-05-13 09:34:26
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Yolanda肉肉

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小米嘉 at 2018-05-13 09:34:26
你有没有试着对接过？

有的，但是，对接不上，也有可能是我步骤不对，不过是完全按照使用指南来的，我看那上面需要加氢优化什么的，因为本人之前确实没有接触过这个，现在有急需使用，求大神指导
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3楼2018-05-13 11:04:13
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小米嘉

木虫 (小有名气)
我记得没这么难对接啊。你私信告诉我pdb编号。我试试

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……
4楼2018-05-13 18:59:30
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小米嘉

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by Yolanda肉肉 at 2018-05-13 11:04:13
有的，但是，对接不上，也有可能是我步骤不对，不过是完全按照使用指南来的，我看那上面需要加氢优化什么的，因为本人之前确实没有接触过这个，现在有急需使用，求大神指导...

估计不是你操作问题，可能是软件问题。我也做过核酸对接，没毛病啊。

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……
5楼2018-05-13 19:00:46
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Yolanda肉肉

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小米嘉 at 2018-05-13 19:00:46
估计不是你操作问题，可能是软件问题。我也做过核酸对接，没毛病啊。
...

我私信和您联系一下吧，把具体情况和您说一下，您看行么，实在麻烦您了，因为我真的不太懂这一块
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6楼2018-05-14 12:20:59
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

autodock可以进行DNA和小分子的对接，没有问题
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7楼2018-05-15 20:58:36
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自习go

新虫 (小有名气)
楼主，DNA的pdb文件在哪里可以下载

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8楼2018-09-02 11:25:30
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