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thirsty

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[交流] 【求助】计算GB/SA，Tinker应该如何配置？

计算一个受体－配体的GBSA，tinker的key文件如何设置呢？？

我用openbable转pdb到xyz，可tinker不能打开，这是为什么呢？

我的部分xyz文件如下

4422
D:\1234.pdb
  N       8.14000    -12.50006    -26.79603
  C       8.87000    -13.73506    -26.47103
  C       8.27200    -14.91706    -27.23003
  O       7.05400    -14.99306    -27.44003
  C       8.77900    -14.01706    -24.97403
  C    10.14400    -14.23906    -24.34503
  S    10.07700    -14.73906    -22.65103
  C    11.75500    -14.72906    -22.03103
  H       9.91700    -13.61906    -26.75203
  H       8.30200    -13.16706    -24.48603
  H       8.16700    -14.90506    -24.81703
  H    10.66100    -15.01306    -24.91103
  H    10.71600    -13.31406    -24.41403
  H    12.22400    -13.77406    -22.26703
  H    11.74400    -14.87106    -20.95003
  H    12.32000    -15.53706    -22.49703
  H       8.20500    -12.32106    -27.78803
  H       7.17000    -12.60406    -26.53603
  H       8.54400    -11.72706    -26.28703
  N       9.16100    -15.80806    -27.61903
  C       8.79900    -17.01606    -28.36903
  C       8.01500    -17.99306    -27.50003
  O       8.55700    -18.56206    -26.53303
  C    10.05400    -17.72806    -28.86203
  C    10.16500    -17.72906    -30.38103
  O       9.29600    -17.08606    -31.08703
  O    11.12300    -18.36806    -30.95703
  H    10.13300    -15.65306    -27.39103
  H       8.18900    -16.73306    -29.22703
  H    10.92700    -17.22406    -28.44803
  H    10.03900    -18.75906    -28.50703
  N       6.72700    -18.25006    -27.82403
  C       5.90100    -19.16006    -27.04003
  C       6.53300    -20.53406    -27.02003
  O       6.27500    -21.32206    -26.07203
  C       4.56200    -19.16606    -27.75603
  C       4.67500    -18.24206    -28.94703
  C       6.05400    -17.64606    -28.98203

和软件自带的example中的xyz相比，只有序号的差别，有影响吗？

谢谢

[ Last edited by lei0736 on 2009-3-24 at 09:34 ]

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