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【求助】计算GB/SA，Tinker应该如何配置？
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计算一个受体－配体的GBSA，tinker的key文件如何设置呢？？ 我用openbable转pdb到xyz，可tinker不能打开，这是为什么呢？ 我的部分xyz文件如下 4422 D:\1234.pdb N 8.14000 -12.50006 -26.79603 C 8.87000 -13.73506 -26.47103 C 8.27200 -14.91706 -27.23003 O 7.05400 -14.99306 -27.44003 C 8.77900 -14.01706 -24.97403 C 10.14400 -14.23906 -24.34503 S 10.07700 -14.73906 -22.65103 C 11.75500 -14.72906 -22.03103 H 9.91700 -13.61906 -26.75203 H 8.30200 -13.16706 -24.48603 H 8.16700 -14.90506 -24.81703 H 10.66100 -15.01306 -24.91103 H 10.71600 -13.31406 -24.41403 H 12.22400 -13.77406 -22.26703 H 11.74400 -14.87106 -20.95003 H 12.32000 -15.53706 -22.49703 H 8.20500 -12.32106 -27.78803 H 7.17000 -12.60406 -26.53603 H 8.54400 -11.72706 -26.28703 N 9.16100 -15.80806 -27.61903 C 8.79900 -17.01606 -28.36903 C 8.01500 -17.99306 -27.50003 O 8.55700 -18.56206 -26.53303 C 10.05400 -17.72806 -28.86203 C 10.16500 -17.72906 -30.38103 O 9.29600 -17.08606 -31.08703 O 11.12300 -18.36806 -30.95703 H 10.13300 -15.65306 -27.39103 H 8.18900 -16.73306 -29.22703 H 10.92700 -17.22406 -28.44803 H 10.03900 -18.75906 -28.50703 N 6.72700 -18.25006 -27.82403 C 5.90100 -19.16006 -27.04003 C 6.53300 -20.53406 -27.02003 O 6.27500 -21.32206 -26.07203 C 4.56200 -19.16606 -27.75603 C 4.67500 -18.24206 -28.94703 C 6.05400 -17.64606 -28.98203 和软件自带的example中的xyz相比，只有序号的差别，有影响吗？ 谢谢 [ Last edited by lei0736 on 2009-3-24 at 09:34 ] |
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