| 查看: 387 | 回复: 4 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
[交流]
【求助】计算GB/SA，Tinker应该如何配置？
|
|||
|
计算一个受体－配体的GBSA，tinker的key文件如何设置呢？？ 我用openbable转pdb到xyz，可tinker不能打开，这是为什么呢？ 我的部分xyz文件如下 4422 D:\1234.pdb N 8.14000 -12.50006 -26.79603 C 8.87000 -13.73506 -26.47103 C 8.27200 -14.91706 -27.23003 O 7.05400 -14.99306 -27.44003 C 8.77900 -14.01706 -24.97403 C 10.14400 -14.23906 -24.34503 S 10.07700 -14.73906 -22.65103 C 11.75500 -14.72906 -22.03103 H 9.91700 -13.61906 -26.75203 H 8.30200 -13.16706 -24.48603 H 8.16700 -14.90506 -24.81703 H 10.66100 -15.01306 -24.91103 H 10.71600 -13.31406 -24.41403 H 12.22400 -13.77406 -22.26703 H 11.74400 -14.87106 -20.95003 H 12.32000 -15.53706 -22.49703 H 8.20500 -12.32106 -27.78803 H 7.17000 -12.60406 -26.53603 H 8.54400 -11.72706 -26.28703 N 9.16100 -15.80806 -27.61903 C 8.79900 -17.01606 -28.36903 C 8.01500 -17.99306 -27.50003 O 8.55700 -18.56206 -26.53303 C 10.05400 -17.72806 -28.86203 C 10.16500 -17.72906 -30.38103 O 9.29600 -17.08606 -31.08703 O 11.12300 -18.36806 -30.95703 H 10.13300 -15.65306 -27.39103 H 8.18900 -16.73306 -29.22703 H 10.92700 -17.22406 -28.44803 H 10.03900 -18.75906 -28.50703 N 6.72700 -18.25006 -27.82403 C 5.90100 -19.16006 -27.04003 C 6.53300 -20.53406 -27.02003 O 6.27500 -21.32206 -26.07203 C 4.56200 -19.16606 -27.75603 C 4.67500 -18.24206 -28.94703 C 6.05400 -17.64606 -28.98203 和软件自带的example中的xyz相比，只有序号的差别，有影响吗？ 谢谢 [ Last edited by lei0736 on 2009-3-24 at 09:34 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
研究发现一个新的临界系数，独立于临界压缩因子
已经有7人回复
-
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有11人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有234人回复
-
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有10人回复
-
200年来人们一直无法破解的难题： 气液临界点状态方程
已经有7人回复
-
关于引力延迟下双星系统角动量不守恒的疑惑---求高手解答！
已经有10人回复
-
求标准卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已经有2人回复
-
量子点电致发光器件（QLED）：蓝光量子点（QDs）和纳米氧化锌电子传输材料
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
-
半透性容器进行高湿或者低湿研究
已经有0人回复
snoopyzhao
至尊木虫 (职业作家)
- QC强帖: 1
- 应助: 157 (高中生)
- 贵宾: 0.02
- 金币: 18844.7
- 红花: 29
- 帖子: 3803
- 在线: 1422.4小时
- 虫号: 183750
- 注册: 2006-02-13
- 专业: 污染生态化学
2楼2009-03-23 13:24:57
3楼2009-03-23 16:25:58
snoopyzhao
至尊木虫 (职业作家)
- QC强帖: 1
- 应助: 157 (高中生)
- 贵宾: 0.02
- 金币: 18844.7
- 红花: 29
- 帖子: 3803
- 在线: 1422.4小时
- 虫号: 183750
- 注册: 2006-02-13
- 专业: 污染生态化学
4楼2009-03-23 16:30:43
5楼2009-03-23 16:34:27