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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】flexX的配体分子如何检查和修改
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】flexX的配体分子如何检查和修改

在用flexX进行分子对接时，教程上是选择配体小分子的羧基的两个原子进行修改，不太明白教程的意思，请教各位如何修改配体小分子的原子和键的类型。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:55 ]
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1楼 2009-03-21 20:05:11
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+1,VIP+0):thanks 4-11 09:51
swordzj858(金币+1,VIP+0):thanks 4-11 15:53
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 4-20 18:38
依稀还记得是sybyl在识别原子类型时把本来应该是羰基的氧原子（SP2杂化）是别成羟基氧原子（SP3杂化）了，由于原子类型不同导致成键不同，所以得人为修改。（说明：由于时间比较久了，不知是把羟基识别成羰基还是将羰基识别成羟基了，:-)）
原子类型是很重要的，必须确定每个原子类型的正确与否
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2楼2009-04-11 00:07:41
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zz422

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
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yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢交流 7-2 17:28
好像是在edit中的modify中修改的，那里面可以对原子类型，原子名称等等修改。
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3楼2009-07-01 09:32:16
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 7-13 14:49
呵呵，楼主被误导了。我当初学习的时候也和楼主差不多。
1、教程上是将就原来蛋白质内的配体进行对接，因为它的这两个原子是错误的，当然就要修改了；
2、其实，当我们自己做对接的时候，配体都是我们自己画的，或者是从数据库下载的，配体的准确性都已经检查过了，如果有误就修改，没有就不修改噻。
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4楼2009-07-13 11:08:59
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qinqin837

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+3,VIP+0):欢迎参加交流 8-11 20:10
今天学习了一下，发现按教程做到出现re-type atoms对话框时，先点选所有要修改的原子，点OK后，再选择正确的原子类型，一个个地修改。例如，如果晶体结构里的配体分子有一个环,明明该是个苯环碳原子类型却显示的c2 ，那么我们就应该把它改为c.ar
如何知道正确的原子类型呢？一个笨办法是先画一个分子（或已有的），通过view——llabel——atom type就能看到各原子的类型了。献丑了
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我的ID叫qinqin837，但我不是83年7月生的哦，我没那么大……
5楼2009-08-11 18:12:21
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