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peccatum

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物otu的划分用什么软件做?mega可以吗? 已有1人参与

查阅到qiime和mothur可以,请问mega和bioedit能不能做otu划分?我看到用mega可以做聚类分析树图, 这个图怎么用?聚类分析的树图和otu划分结果有什么关系吗?

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peccatum

新虫 (初入文坛)

我是看到这篇文档产生的疑问,该文档中用mega做了聚类,但是我不清楚聚类得出的树图有什么用,怎么用。 文档如下传送门https://wk.baidu.com/view/7ab8cdd152d380eb63946d93.html

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2楼2018-04-29 22:42:52
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小冀-: 金币+5, 鼓励回帖应助 2018-05-02 10:00:51
mega不可以做OTU划分,主要是用来建树的,系统树可以得到输入序列之间的亲缘关系,可以用来做OTU的注释(一般用于功能基因OTU),bioedit只是序列查看和对位排列工具,划分OTU主要还是qiime, mothur, usearch/vsearch等软件
3楼2018-05-02 08:06:11
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peccatum

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xp198766 at 2018-05-02 08:06:11
mega不可以做OTU划分,主要是用来建树的,系统树可以得到输入序列之间的亲缘关系,可以用来做OTU的注释(一般用于功能基因OTU),bioedit只是序列查看和对位排列工具,划分OTU主要还是qiime, mothur, usearch/vsear ...

我询问了我的老师,他说可以做,我也是蒙蔽了

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4楼2018-05-04 11:19:42
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