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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 微生物otu的划分用什么软件做？mega可以吗？
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peccatum

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物otu的划分用什么软件做？mega可以吗？ 已有1人参与

查阅到qiime和mothur可以，请问mega和bioedit能不能做otu划分？我看到用mega可以做聚类分析树图， 这个图怎么用？聚类分析的树图和otu划分结果有什么关系吗？

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1楼 2018-04-29 22:40:23
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peccatum

新虫 (初入文坛)
我是看到这篇文档产生的疑问，该文档中用mega做了聚类，但是我不清楚聚类得出的树图有什么用，怎么用。 文档如下传送门https://wk.baidu.com/view/7ab8cdd152d380eb63946d93.html

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2楼2018-04-29 22:42:52
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小冀-: 金币+5, 鼓励回帖应助 2018-05-02 10:00:51
mega不可以做OTU划分，主要是用来建树的，系统树可以得到输入序列之间的亲缘关系，可以用来做OTU的注释（一般用于功能基因OTU），bioedit只是序列查看和对位排列工具，划分OTU主要还是qiime, mothur, usearch/vsearch等软件
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3楼2018-05-02 08:06:11
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peccatum

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xp198766 at 2018-05-02 08:06:11
mega不可以做OTU划分，主要是用来建树的，系统树可以得到输入序列之间的亲缘关系，可以用来做OTU的注释（一般用于功能基因OTU），bioedit只是序列查看和对位排列工具，划分OTU主要还是qiime, mothur, usearch/vsear ...

我询问了我的老师，他说可以做，我也是蒙蔽了

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4楼2018-05-04 11:19:42
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