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奇怪的小胖子

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 分子对接 amber打分

遇到的问题：给decoy找的小分子（900个）做amber打分时，出现了如下错误，在给抑制剂（30个）做amber打分就没出错，不知道怎么回事，求大神解答。
#prepare_amber.pl anchor_and_grow_scored.mol2 rec_noH.pdb

Coordinate and parameter files for the Receptor rec_noH generated.
The AMBER score tagged mol2 file anchor_and_grow_scored.amber_score.mol2 generated.
Splitting the multiple Ligand mol2 file into single mol2 files.
The single mol2 files will have the prefix: anchor_and_grow_scored
The number of single Ligand mol2 files generated is 900.
Generating coordinate and parameter files for Ligands and Complexes.
Generating AM1-BCC charges. This may be time consuming.
Ligand anchor_and_grow_scored.1 has total charge -2

Error from amberize_ligand; the name of the ligand is
ZINC02796227
Examine amberize_ligand.anchor_and_grow_scored.1.out

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1楼 2018-04-27 13:36:10

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