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分子对接 amber打分
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遇到的问题：给decoy找的小分子（900个）做amber打分时，出现了如下错误，在给抑制剂（30个）做amber打分就没出错，不知道怎么回事，求大神解答。 #prepare_amber.pl anchor_and_grow_scored.mol2 rec_noH.pdb Coordinate and parameter files for the Receptor rec_noH generated. The AMBER score tagged mol2 file anchor_and_grow_scored.amber_score.mol2 generated. Splitting the multiple Ligand mol2 file into single mol2 files. The single mol2 files will have the prefix: anchor_and_grow_scored The number of single Ligand mol2 files generated is 900. Generating coordinate and parameter files for Ligands and Complexes. Generating AM1-BCC charges. This may be time consuming. Ligand anchor_and_grow_scored.1 has total charge -2 Error from amberize_ligand; the name of the ligand is ZINC02796227 Examine amberize_ligand.anchor_and_grow_scored.1.out |
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