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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs出错
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wangyibo20

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】gromacs出错

【求助】我加完水盒子后预处理grompp出错：

Fatal error:
[ file "/usr/local/gromacs/share/gromacs/top/spce.itp", line 42 ]:
             Atom index (1) in settles out of bounds (1-0)
是怎么回事？
命令为：grompp_d -f em.mdp -c 1_box.pdb -p 1.top -o 1_pp.tpr

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:38 ]
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1楼 2009-03-19 18:52:18
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-20 09:43
你使用的是什么力场，有添加amber力场吗，可能是你的include的次序有问题，能不能看下你的top文件呢
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2楼2009-03-19 23:25:17
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wangyibo20

金虫 (小有名气)

我用的Amber03力场

多谢了，top文件如下：
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3楼2009-03-20 08:10:32
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 3-21 19:23
你的top中有包含spce.itp，这个与amber连用可能出问题，你写个新的水的itp文件，命名为amber-spc.itp把它包含在你的top中，把原来包含那个spce.itp注销掉，新的itp内容如下：
[ moleculetype ]
; molname   nrexcl
SOL      2

[ atoms ]
;   nr   type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass
     1  amber99_54   1  SOL     OW      1      -0.82  15.99940
     2  amber99_55   1  SOL    HW1      1       0.41   1.00800
     3  amber99_55   1  SOL    HW2      1       0.41   1.00800

#ifdef FLEXIBLE
[ bonds ]
; i   j  funct length   force.c.
1  2  1  0.1   345000   0.1     345000
1  3  1  0.1   345000   0.1     345000

[ angles ]
; i   j  k  funct angle force.c.
2  1  3  1  109.47   383   109.47   383
#else
[ settles ]
; OW  funct doh   dhh
1  1  0.1   0.16333

[ exclusions ]
1  2  3
2  1  3
3  1  2
#endif


你调下试试
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4楼2009-03-20 10:43:49
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wangyibo20

金虫 (小有名气)
又出现别的错误了。我的配体用MOL表示，可很多时候都提示没有这个残基类型，那我应该用什么表示配体？

另外我重做时用Amber99sb力场，tip3p水模型时，在grompp这一步提示
原子类型OWT3找不到，又是怎么回事？

[ Last edited by wangyibo20 on 2009-3-20 at 19:01 ]
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5楼2009-03-20 18:17:05
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 3-24 09:33
配体残基类型要和你配体的top文件的一致。
直接用文本编辑器打开Amber99sb力场文件看看里面，水的原子类型；或者直接找到水的各种类型文件看看。
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6楼2009-03-23 10:49:28
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wangyibo20

金虫 (小有名气)
关键是我没找到哪个文件里有这种水原子呀
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7楼2009-03-23 19:38:25
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 3-26 08:50
是关键词的问题，残基名，类型名，这类是程序的关键词，如果你的top里的与你调用力场里的不一样，程序就会不识别，你的top文件里有包含多个*.itp文件，这些文件要嘛在你的本任务的目录下，要嘛在gromacs的安装目录下，你可以在安装目录的/share/top/里看到很多力场文件
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8楼2009-03-25 00:25:25
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