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wangyibo20金虫 (小有名气)
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【求助】gromacs出错
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【求助】我加完水盒子后预处理grompp出错： Fatal error: [ file "/usr/local/gromacs/share/gromacs/top/spce.itp", line 42 ]: Atom index (1) in settles out of bounds (1-0) 是怎么回事？ 命令为：grompp_d -f em.mdp -c 1_box.pdb -p 1.top -o 1_pp.tpr [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:38 ] |
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xuefei06
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2楼2009-03-19 23:25:17
wangyibo20
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3楼2009-03-20 08:10:32
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 3-21 19:23
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 3-21 19:23
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你的top中有包含spce.itp，这个与amber连用可能出问题，你写个新的水的itp文件，命名为amber-spc.itp把它包含在你的top中，把原来包含那个spce.itp注销掉，新的itp内容如下： [ moleculetype ] ; molname nrexcl SOL 2 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass 1 amber99_54 1 SOL OW 1 -0.82 15.99940 2 amber99_55 1 SOL HW1 1 0.41 1.00800 3 amber99_55 1 SOL HW2 1 0.41 1.00800 #ifdef FLEXIBLE [ bonds ] ; i j funct length force.c. 1 2 1 0.1 345000 0.1 345000 1 3 1 0.1 345000 0.1 345000 [ angles ] ; i j k funct angle force.c. 2 1 3 1 109.47 383 109.47 383 #else [ settles ] ; OW funct doh dhh 1 1 0.1 0.16333 [ exclusions ] 1 2 3 2 1 3 3 1 2 #endif 你调下试试 |
4楼2009-03-20 10:43:49
wangyibo20
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5楼2009-03-20 18:17:05
nkyx
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6楼2009-03-23 10:49:28
wangyibo20
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7楼2009-03-23 19:38:25
xuefei06
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8楼2009-03-25 00:25:25
