应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 计算原子邻表
71/1返回列表
查看: 1104  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

李杜醉酒

新虫 (小有名气)
已领完
lammps 计算原子邻表
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫，下载小木虫客户端

lammps中可以通过 cna/atom 命令计算每个原子的邻近数，但是我要计算每个原子邻近原子对应的 id，该如何计算。假设只计算完美晶体每个原子第一邻近原子 id，所有原子的邻近数一样，考虑周期性结构

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2018-04-11 19:24:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
abinitio: 金币+5, 应助指数+1, 推荐前者，简单粗暴，可靠有效 2018-04-12 08:11:54
自己写个程序算。如果粒子数小于一万，用简单的二重循环即可。如果粒子数大于一万，可考虑用cell list方法。前者几十行代码，后者也只有一两百行。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

李杜醉酒
5楼2018-04-12 03:31:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

李杜醉酒

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-12 03:31:45
自己写个程序算。如果粒子数小于一万，用简单的二重循环即可。如果粒子数大于一万，可考虑用cell list方法。前者几十行代码，后者也只有一两百行。

谢谢老师，目前粒子数有60w，目前我自己编的是si完美晶体，先找出某个晶胞内所有原子邻近原子id，再按照编号对比找出其它原子邻近原子编号，最后再对边界邻近原子进行修改。但是如果一开始晶体中有缺陷，比如位错，其原子序号规律就无法对比了。因此需要每个原子都需要进行一次邻近原子编号搜索，其时间复杂度O(n?)。计算量很大。请问cell list方法是？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2018-04-12 10:49:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 李杜醉酒 at 2018-04-12 10:49:38
谢谢老师，目前粒子数有60w，目前我自己编的是si完美晶体，先找出某个晶胞内所有原子邻近原子id，再按照编号对比找出其它原子邻近原子编号，最后再对边界邻近原子进行修改。但是如果一开始晶体中有缺陷，比如 ...

https://en.m.wikipedia.org/wiki/Cell_lists

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
7楼2018-04-12 13:27:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
pandongzi2楼
2018-04-11 19:25   回复  
李杜醉酒(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
51727963楼
2018-04-11 19:26   回复  
李杜醉酒(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
对长4楼
2018-04-11 19:26   回复  
李杜醉酒(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 李杜醉酒 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭