24小时热门版块排行榜    

查看: 1269  |  回复: 6

李杜醉酒

新虫 (小有名气)


已领完
lammps 计算原子邻表
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫,下载小木虫客户端

lammps中可以通过 cna/atom 命令计算每个原子的邻近数,但是我要计算每个原子邻近原子对应的 id,该如何计算。假设只计算完美晶体每个原子第一邻近原子 id,所有原子的邻近数一样,考虑周期性结构

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
abinitio: 金币+5, 应助指数+1, 推荐前者,简单粗暴,可靠有效 2018-04-12 08:11:54
自己写个程序算。如果粒子数小于一万,用简单的二重循环即可。如果粒子数大于一万,可考虑用cell list方法。前者几十行代码,后者也只有一两百行。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2018-04-12 03:31:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

李杜醉酒

新虫 (小有名气)


送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-12 03:31:45
自己写个程序算。如果粒子数小于一万,用简单的二重循环即可。如果粒子数大于一万,可考虑用cell list方法。前者几十行代码,后者也只有一两百行。

谢谢老师,目前粒子数有60w,目前我自己编的是si完美晶体,先找出某个晶胞内所有原子邻近原子id,再按照编号对比找出其它原子邻近原子编号,最后再对边界邻近原子进行修改。但是如果一开始晶体中有缺陷,比如位错,其原子序号规律就无法对比了。因此需要每个原子都需要进行一次邻近原子编号搜索,其时间复杂度O(n?)。计算量很大。请问cell list方法是?

发自小木虫Android客户端
6楼2018-04-12 10:49:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 李杜醉酒 at 2018-04-12 10:49:38
谢谢老师,目前粒子数有60w,目前我自己编的是si完美晶体,先找出某个晶胞内所有原子邻近原子id,再按照编号对比找出其它原子邻近原子编号,最后再对边界邻近原子进行修改。但是如果一开始晶体中有缺陷,比如 ...

https://en.m.wikipedia.org/wiki/Cell_lists

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2018-04-12 13:27:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
pandongzi2楼
2018-04-11 19:25   回复  
李杜醉酒(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
51727963楼
2018-04-11 19:26   回复  
李杜醉酒(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
对长4楼
2018-04-11 19:26   回复  
李杜醉酒(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 李杜醉酒 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +9 且听虎啸 2026-08-07 12/600 2026-08-07 21:53 by 理想三旬2025
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +4 哈哈114477 2026-08-01 4/200 2026-08-07 14:39 by jgy194592
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见