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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 计算原子邻表
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李杜醉酒

新虫 (小有名气)
已领完
lammps 计算原子邻表
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lammps中可以通过 cna/atom 命令计算每个原子的邻近数，但是我要计算每个原子邻近原子对应的 id，该如何计算。假设只计算完美晶体每个原子第一邻近原子 id，所有原子的邻近数一样，考虑周期性结构

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1楼2018-04-11 19:24:53
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李杜醉酒

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by brucefan at 2018-04-12 03:31:45
自己写个程序算。如果粒子数小于一万，用简单的二重循环即可。如果粒子数大于一万，可考虑用cell list方法。前者几十行代码，后者也只有一两百行。

谢谢老师，目前粒子数有60w，目前我自己编的是si完美晶体，先找出某个晶胞内所有原子邻近原子id，再按照编号对比找出其它原子邻近原子编号，最后再对边界邻近原子进行修改。但是如果一开始晶体中有缺陷，比如位错，其原子序号规律就无法对比了。因此需要每个原子都需要进行一次邻近原子编号搜索，其时间复杂度O(n?)。计算量很大。请问cell list方法是？

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6楼2018-04-12 10:49:38
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
abinitio: 金币+5, 应助指数+1, 推荐前者，简单粗暴，可靠有效 2018-04-12 08:11:54
自己写个程序算。如果粒子数小于一万，用简单的二重循环即可。如果粒子数大于一万，可考虑用cell list方法。前者几十行代码，后者也只有一两百行。

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李杜醉酒
5楼2018-04-12 03:31:45
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 李杜醉酒 at 2018-04-12 10:49:38
谢谢老师，目前粒子数有60w，目前我自己编的是si完美晶体，先找出某个晶胞内所有原子邻近原子id，再按照编号对比找出其它原子邻近原子编号，最后再对边界邻近原子进行修改。但是如果一开始晶体中有缺陷，比如 ...

https://en.m.wikipedia.org/wiki/Cell_lists

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7楼2018-04-12 13:27:22
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pandongzi2楼
2018-04-11 19:25   回复  
李杜醉酒(金币+1): 谢谢参与
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51727963楼
2018-04-11 19:26   回复  
李杜醉酒(金币+2): 谢谢参与
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对长4楼
2018-04-11 19:26   回复  
李杜醉酒(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
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