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amber动力学模拟
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我使用的动力学软件为AMBER14，体系为含水的复合蛋白，动力学过程中，产生的拓扑文件都没有报错，但是在结合自由能分解时报错显示CalcError: /home/hxduan\bin\amber14\bin\sander failed with prmtop nwt_protein.prmtop!想请教一下这是什么原因的导致的，完全没有头绪。我使用的是含水分子的蛋白，之前把水分子的原子类型定义成了钾，随后的操作跟不含水分子的蛋白操作一样，我使用的tleap文件如下： source ?leaprc.gaff source ?leaprc.ff03.r1 UNK = loadmol2 ?ligand.mol2 loadamberparams ?ligand.frcmod check UNK list saveamberparm UNK nwt_lig.prmtop ?nwt_lig.inpcrd rec = loadpdb receptor.pdb saveamberparm rec nwt_rec.prmtop nwt_rec.inpcrd com = loadpdb protein.pdb check com saveamberparm com nwt_protein.prmtop ?nwt_protein.inpcrd addions com Na+ ?0 #addions com CL- ?0 solvateoct com TIP3PBOX 12 saveamberparm com protein.prmtop ?protein.inpcrd saveamberparm UNK lig.prmtop ?lig.inpcrd rec = loadpdb receptor.pdb saveamberparm rec rec.prmtop rec.inpcrd quit 请问含水的蛋白复合体应该怎么处理? 发自小木虫Android客户端 |
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3楼2018-04-08 19:23:26
hclwonder
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2楼2018-04-08 18:07:08
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amber其实不大熟。但好像amber算这个是要先去掉水的。它用PB隐式溶剂模型。 你这种情况不知道怎么弄了。你可以试试呗。 发自小木虫Android客户端 |
4楼2018-04-08 20:29:18
hclwonder
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Including Explicit Water Molecules as Part of the Protein Structure in MM/PBSA Calculations 发自小木虫Android客户端 |
5楼2018-04-09 20:43:44
