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羽衣甘蓝

新虫 (初入文坛)

[交流] amber动力学模拟

我使用的动力学软件为AMBER14，体系为含水的复合蛋白，动力学过程中，产生的拓扑文件都没有报错，但是在结合自由能分解时报错显示CalcError: /home/hxduan\bin\amber14\bin\sander failed with prmtop nwt_protein.prmtop!想请教一下这是什么原因的导致的，完全没有头绪。我使用的是含水分子的蛋白，之前把水分子的原子类型定义成了钾，随后的操作跟不含水分子的蛋白操作一样，我使用的tleap文件如下：
source ?leaprc.gaff
source ?leaprc.ff03.r1
UNK = loadmol2 ?ligand.mol2
loadamberparams ?ligand.frcmod
check UNK
list
saveamberparm UNK nwt_lig.prmtop ?nwt_lig.inpcrd
rec = loadpdb receptor.pdb
saveamberparm rec nwt_rec.prmtop nwt_rec.inpcrd
com = loadpdb protein.pdb
check com
saveamberparm com nwt_protein.prmtop ?nwt_protein.inpcrd
addions com Na+ ?0
#addions com CL- ?0
solvateoct com TIP3PBOX 12
saveamberparm com protein.prmtop ?protein.inpcrd
saveamberparm UNK lig.prmtop ?lig.inpcrd
rec = loadpdb receptor.pdb
saveamberparm rec rec.prmtop rec.inpcrd
quit
请问含水的蛋白复合体应该怎么处理?

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1楼 2018-04-08 14:56:31
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hclwonder

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
好像amber算mmpbsa要去掉水？

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2楼2018-04-08 18:07:08
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羽衣甘蓝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-08 18:07:08
好像amber算mmpbsa要去掉水？

谢谢您的回复，您意思是他必须去掉水才能算结合自由能是吗？我的体系中有几个重要的水分子，那如果我想知道某个水分子的贡献值应该怎么办呢？

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3楼2018-04-08 19:23:26
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hclwonder

新虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 羽衣甘蓝 at 2018-04-08 19:23:26
谢谢您的回复，您意思是他必须去掉水才能算结合自由能是吗？我的体系中有几个重要的水分子，那如果我想知道某个水分子的贡献值应该怎么办呢？
...

amber其实不大熟。但好像amber算这个是要先去掉水的。它用PB隐式溶剂模型。
你这种情况不知道怎么弄了。你可以试试呗。

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4楼2018-04-08 20:29:18
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hclwonder

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Including Explicit Water Molecules as Part of the Protein Structure in
MM/PBSA Calculations

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5楼2018-04-09 20:43:44
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hclwonder

新虫 (正式写手)
it's a paper. maybe helpful

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6楼2018-04-09 20:44:23
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羽衣甘蓝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hclwonder at 2018-04-09 20:44:23
it's a paper. maybe helpful

thank you very  much

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7楼2018-04-10 08:02:52
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