| 查看: 1254 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
求助
|
|||
| 有人用过moe 2015.1 0吗？写分子对接操作叙述的时候该怎么写？具体该怎么写？ |
回复此楼» 猜你喜欢
Fe3O4@SiO2合成
已经有7人回复
-
多组分精馏求助
已经有6人回复
-
免疫学博士有名额，速联系
已经有8人回复
-
26申博求博导推荐-遥感图像处理方向
已经有5人回复
-
国家级人才课题组招收2026年入学博士
已经有6人回复
-
交叉科学部支持青年基金，对三无青椒是个机会吗？
已经有7人回复
-
青椒八年已不青，大家都被折磨成啥样了？
已经有15人回复
-
国家基金申请书模板内插入图片不可调整大小?
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
hclwonder
新虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2564.1
- 红花: 28
- 帖子: 371
- 在线: 68.2小时
- 虫号: 2837657
- 注册: 2013-11-30
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
|
写文章用吗？这个没有一定的可多可少，看你文章其它内容多少，以及审稿人意见了。 是你自己做的对接吗？那我觉得你可以大致写写的，蛋白PDB号是要写的，软件是要写的，具体对接参数自己看着写些吧。 发自小木虫Android客户端 |
4楼2018-03-29 18:10:36
hclwonder
新虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2564.1
- 红花: 28
- 帖子: 371
- 在线: 68.2小时
- 虫号: 2837657
- 注册: 2013-11-30
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2018-03-29 11:41:31
|
就是分子对接操作的叙述，有人是用Autodock4.2软件做对接的，那对接操作是这样叙述的：蛋白 PTP 1B 蛋白晶体结构(2CNG)下载自蛋白数据 库(http://www.rcsb.org). 分子对接试验在 Autodock4.2程序上进行, 以 MGLTools-1.5.4 为对接的图像显示软件. 蛋白的预处理包括加氢及电荷均在 MGLTools-1.5.4 上进行. 小分子的最低能量化采用 Chem Bio3D Ultra12.0 程序的 MM94 算法. 分子对接采取半柔性对接, 即以蛋白作刚性处理, 配体可自由转动. 在对接过程中, grid box 的大小为 60×60×60 grid points, grid spacing 设置约为碳碳单键长度的四分之一 0.375 Å, 设置蛋白 Ploop 中心为活性位点中心. 对接算法采用 Lamarckian 遗 传算法, 每个化合物设置 100 个循环, 即寻找 100 个构象最优. 其他为采用默认设置. 计算的结果采用构象最多类聚, 其图像显示采 pymol-0.99 处理. 如果用MOE 2015.1 0该怎么叙述步骤？ |
3楼2018-03-29 15:58:06
|
是别人做的图，但是没给出来操作步骤，我这么写您看可以吗？蛋白 PTP 1B 蛋白晶体结构(2CNG)下载自蛋白数据 库(http://www.rcsb.org). 分子对接试验在moe 2015.1 0程序上进行, 蛋白的预处理包括加氢及电荷均在 moe 2015.1 0 上进行.分子对接采取半柔性对接, 即以蛋白作刚性处理, 配体可自由转动. 在对接过程中,其他为采用默认设置。 |
5楼2018-03-29 18:38:18