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1836844807

新虫 (小有名气)

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有人用过moe 2015.1 0吗？写分子对接操作叙述的时候该怎么写？具体该怎么写？
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1楼 2018-03-29 10:17:26
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hclwonder

新虫 (正式写手)
什么意思？

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2楼2018-03-29 11:41:31
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1836844807

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by hclwonder at 2018-03-29 11:41:31
什么意思？

就是分子对接操作的叙述，有人是用Autodock4.2软件做对接的，那对接操作是这样叙述的：蛋白 PTP 1B 蛋白晶体结构(2CNG)下载自蛋白数据
库(http://www.rcsb.org). 分子对接试验在 Autodock4.2程序上进行, 以 MGLTools-1.5.4 为对接的图像显示软件. 蛋白的预处理包括加氢及电荷均在 MGLTools-1.5.4
上进行. 小分子的最低能量化采用 Chem Bio3D Ultra12.0 程序的 MM94 算法. 分子对接采取半柔性对接, 即以蛋白作刚性处理, 配体可自由转动. 在对接过程中,
grid box 的大小为 60×60×60 grid points, grid spacing 设置约为碳碳单键长度的四分之一 0.375 Å, 设置蛋白 Ploop 中心为活性位点中心. 对接算法采用 Lamarckian 遗
传算法, 每个化合物设置 100 个循环, 即寻找 100 个构象最优. 其他为采用默认设置. 计算的结果采用构象最多类聚, 其图像显示采 pymol-0.99 处理.
如果用MOE 2015.1 0该怎么叙述步骤？
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3楼2018-03-29 15:58:06
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 1836844807 at 2018-03-29 15:58:06
就是分子对接操作的叙述，有人是用Autodock4.2软件做对接的，那对接操作是这样叙述的：蛋白 PTP 1B 蛋白晶体结构(2CNG)下载自蛋白数据
库(http://www.rcsb.org). 分子对接试验在 Autodock4.2程序上进行, 以 MGLTo ...

写文章用吗？这个没有一定的可多可少，看你文章其它内容多少，以及审稿人意见了。
是你自己做的对接吗？那我觉得你可以大致写写的，蛋白PDB号是要写的，软件是要写的，具体对接参数自己看着写些吧。

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4楼2018-03-29 18:10:36
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1836844807

新虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by hclwonder at 2018-03-29 18:10:36
写文章用吗？这个没有一定的可多可少，看你文章其它内容多少，以及审稿人意见了。
是你自己做的对接吗？那我觉得你可以大致写写的，蛋白PDB号是要写的，软件是要写的，具体对接参数自己看着写些吧。
...

是别人做的图，但是没给出来操作步骤，我这么写您看可以吗？蛋白 PTP 1B 蛋白晶体结构(2CNG)下载自蛋白数据
库(http://www.rcsb.org). 分子对接试验在moe 2015.1 0程序上进行, 蛋白的预处理包括加氢及电荷均在 moe 2015.1 0
上进行.分子对接采取半柔性对接, 即以蛋白作刚性处理, 配体可自由转动. 在对接过程中,其他为采用默认设置。
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5楼2018-03-29 18:38:18
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hclwonder

新虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by 1836844807 at 2018-03-29 18:38:18
是别人做的图，但是没给出来操作步骤，我这么写您看可以吗？蛋白 PTP 1B 蛋白晶体结构(2CNG)下载自蛋白数据
库(http://www.rcsb.org). 分子对接试验在moe 2015.1 0程序上进行, 蛋白的预处理包括加氢及电荷均在 mo ...

也可以，如果对接只占这篇文章一小部分的话。审稿人要有意见再说。
你可以问问给你做图那个人，让他给你大致写个。

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6楼2018-03-29 19:00:29
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1836844807

新虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by hclwonder at 2018-03-29 19:00:29
也可以，如果对接只占这篇文章一小部分的话。审稿人要有意见再说。
你可以问问给你做图那个人，让他给你大致写个。
...

作图的人不给提供这个，所以我就想知道这么写可以吗？或者还能怎么样再完善一下
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7楼2018-03-29 21:45:45
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hclwonder

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7楼: Originally posted by 1836844807 at 2018-03-29 21:45:45
作图的人不给提供这个，所以我就想知道这么写可以吗？或者还能怎么样再完善一下...

对接部分不占主要的话，应该可以。

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8楼2018-03-29 23:03:12
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