24小时热门版块排行榜    

查看: 1563  |  回复: 13

poseidon008

新虫 (小有名气)

[求助] 十万火急!reviewer的问题不知如何回答 已有2人参与

我是用16s rRNA 高通量测序检测微生物群落的变化,我们做高通量的结果通常都是用相对丰度的变化来表示某个属的变化,但是reviewer的意思是去掉这部分内容,这样文章就少了一些内容,不知道怎么解决才好,求高人指点
The relative abundance of the bacterial phyla and classes are not independent and cannot be compared directly with univariate statistics. Each of the phyla or classes are interrelated in a sample. I know that these types of comparisons have been completed in the past (in several papers) but we need to do it correctly. I suggest omitting this kind of statistics in the text。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

snmrna

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
做一下不同门的相关性分析,用确认了无相关性的数据来分析试试

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2018-03-27 23:45:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

审稿人意思可能是,每个种属不能单独进行比较,必须把样品中所有属数据拼接后进行比较,因为每个种的相对丰度是由其他种数量决定的

发自小木虫Android客户端
4楼2018-03-28 07:11:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

你可以做个拼接的柱状图,不就OK了么,不同纹理或者颜色表示

发自小木虫Android客户端
5楼2018-03-28 07:12:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snmrna

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by poseidon008 at 2018-03-28 15:06:27
怎么做呢...

R语言可以做,你查一下

发自小木虫IOS客户端
9楼2018-03-28 18:52:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snmrna

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by poseidon008 at 2018-03-29 09:08:20
有这样做过的文献可以推荐下吗...

我也是最近看R语言的资料发现它的这方面的应用。你看看这篇文章是不是讲了,https://www.nature.com/articles/ismej2009112,我随手搜的,还没看全文
11楼2018-03-29 10:43:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdxlwxs

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


小冀-: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2018-04-17 12:27:06
看审稿人的意思是针对你的统计方式的,认为不应该通过单因素统计直接比较门或者纲的数据。审稿人的建议应该只是让你去掉统计方面的数据,对具体丰度的数据应该不用删除。

看审稿人的意见还是挺强硬的,建议按他的意见来。如果你和审稿人argue的话,有可能被拒哦。

不过以前的文章确实有很多都是单独比较某一个门在不同样品中的丰度。
13楼2018-04-17 11:15:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

在水壹方

新虫 (小有名气)

2楼2018-03-25 23:46:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

或者热图也可以

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2018-03-28 07:30:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

poseidon008

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-03-27 23:45:40
做一下不同门的相关性分析,用确认了无相关性的数据来分析试试

怎么做呢
7楼2018-03-28 15:06:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

poseidon008

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by snoopytbw at 2018-03-28 07:30:49
或者热图也可以

图已经做了,不过还需要统计数据
8楼2018-03-28 15:08:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

poseidon008

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by snmrna at 2018-03-28 18:52:58
R语言可以做,你查一下
...

有这样做过的文献可以推荐下吗
10楼2018-03-29 09:08:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 poseidon008 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
信息提示
请填处理意见