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poseidon008

新虫 (小有名气)

[求助] 十万火急!reviewer的问题不知如何回答 已有2人参与

我是用16s rRNA 高通量测序检测微生物群落的变化,我们做高通量的结果通常都是用相对丰度的变化来表示某个属的变化,但是reviewer的意思是去掉这部分内容,这样文章就少了一些内容,不知道怎么解决才好,求高人指点
The relative abundance of the bacterial phyla and classes are not independent and cannot be compared directly with univariate statistics. Each of the phyla or classes are interrelated in a sample. I know that these types of comparisons have been completed in the past (in several papers) but we need to do it correctly. I suggest omitting this kind of statistics in the text。
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
做一下不同门的相关性分析,用确认了无相关性的数据来分析试试

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2018-03-27 23:45:40
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

审稿人意思可能是,每个种属不能单独进行比较,必须把样品中所有属数据拼接后进行比较,因为每个种的相对丰度是由其他种数量决定的

发自小木虫Android客户端
4楼2018-03-28 07:11:14
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

你可以做个拼接的柱状图,不就OK了么,不同纹理或者颜色表示

发自小木虫Android客户端
5楼2018-03-28 07:12:09
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by poseidon008 at 2018-03-28 15:06:27
怎么做呢...

R语言可以做,你查一下

发自小木虫IOS客户端
9楼2018-03-28 18:52:58
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by poseidon008 at 2018-03-29 09:08:20
有这样做过的文献可以推荐下吗...

我也是最近看R语言的资料发现它的这方面的应用。你看看这篇文章是不是讲了,https://www.nature.com/articles/ismej2009112,我随手搜的,还没看全文
11楼2018-03-29 10:43:11
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sdxlwxs

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


小冀-: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2018-04-17 12:27:06
看审稿人的意思是针对你的统计方式的,认为不应该通过单因素统计直接比较门或者纲的数据。审稿人的建议应该只是让你去掉统计方面的数据,对具体丰度的数据应该不用删除。

看审稿人的意见还是挺强硬的,建议按他的意见来。如果你和审稿人argue的话,有可能被拒哦。

不过以前的文章确实有很多都是单独比较某一个门在不同样品中的丰度。
13楼2018-04-17 11:15:24
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普通回帖

在水壹方

新虫 (小有名气)

2楼2018-03-25 23:46:28
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

或者热图也可以

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2018-03-28 07:30:49
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poseidon008

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by snmrna at 2018-03-27 23:45:40
做一下不同门的相关性分析,用确认了无相关性的数据来分析试试

怎么做呢
7楼2018-03-28 15:06:27
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poseidon008

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by snoopytbw at 2018-03-28 07:30:49
或者热图也可以

图已经做了,不过还需要统计数据
8楼2018-03-28 15:08:26
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poseidon008

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by snmrna at 2018-03-28 18:52:58
R语言可以做,你查一下
...

有这样做过的文献可以推荐下吗
10楼2018-03-29 09:08:20
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