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jyhou

铜虫 (小有名气)

[交流] 10金币求助下列两种解氢原子是何种方式？我的描述对不对

N1    3    0.091487    0.229554    0.359424    11.00000    0.00895    0.01336 =
         0.01906    0.00358    0.00746    0.00458
AFIX  23
H1A   2    0.102656    0.273647    0.320593    11.00000   -1.20000
H1B   2   -0.003860    0.237169    0.358100    11.00000   -1.20000
AFIX   0
这个N原子上的氢的解法是否可以描述为？
     The H atoms of C-H and N-H  were located by a difference Fourier
      and fixed during the refinement with U~iso~=1.2U~eq~.
还是
The H atoms of C-H and N-H  were were geometrically positioned and fixed during the refinement with U~iso~=1.2U~eq~.
DFIX 0.82 0.010 OW1 H1WA OW1 H1WB
DFIX 0.82 0.010 OW2 H2WA OW2 H2WB
DFIX 0.82 0.010 OW3 H3WA OW3 H3WB
DFIX 0.82 0.010 OW4 H4WA OW4 H4WB
DFIX 0.82 0.010 OW5 H5WA OW5 H5WB
DFIX 0.82 0.010 OW6 H6WA OW6 H6WB
DANG 1.35 0.01 H1WA H1WB
H1WA  2    0.063662    0.393241    0.859868    11.00000   -1.50000
H1WB  2   -0.072559    0.442201    0.830184    11.00000   -1.50000
H2WA  2   -0.131289    0.137785    0.472805    11.00000   -1.50000
H2WB  2   -0.030501    0.067624    0.514364    11.00000   -1.50000
H3WA  2    0.724627    0.081903    0.095290    11.00000   -1.50000
H3WB  2    0.695446    0.036340    0.020409    11.00000   -1.50000
H4WA  2    0.223723    0.385492    0.249333    11.00000   -1.50000
H4WB  2    0.072937    0.367536    0.221037    11.00000   -1.50000
H5WA  2    0.810897    0.330613    0.182953    11.00000   -1.50000
H5WB  2    0.893495    0.246458    0.162230    11.00000   -1.50000
H6WA  2    0.110072    0.124150    0.156306    11.00000   -1.50000
H6WB  2   -0.034400    0.079278    0.121611    11.00000   -1.50000
水上的氢原子是否可以描述为：
The H atoms of water molecules were positioned geometrically and allowed to ride
on their parent atoms at distances of 0.82 \%A with U~iso~=1.5U~eq~(parent atom).
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1楼 2009-03-14 16:51:25
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
jyhou(金币+5,VIP+0):谢谢 3-14 17:12
N1    3    0.091487    0.229554    0.359424    11.00000    0.00895    0.01336 =
         0.01906    0.00358    0.00746    0.00458
AFIX  23
H1A   2    0.102656    0.273647    0.320593    11.00000   -1.20000
H1B   2   -0.003860    0.237169    0.358100    11.00000   -1.20000
AFIX   0

The H atoms of C-H and N-H  were were geometrically positioned and fixed during the refinement with U~iso~=1.2U~eq~.
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xi2004-emuch@163.com
2楼2009-03-14 17:04:22
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
jyhou(金币+5,VIP+0):谢谢了 3-14 17:09
水上的氢原子：
The H atoms of water molecules were located in a difference Fourier map and refined with O-H distances restrained to 0.82 (2) Å and with U~iso~=1.5U~eq~(parent atom).

大致如此.
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xi2004-emuch@163.com
3楼2009-03-14 17:08:36
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jyhou

铜虫 (小有名气)

谢谢就是说这是理论加氢的方式，但也是是difference Fourier 加氢，是吗

谢谢就是说这是理论加氢的方式，但也是是difference Fourier  加氢，是吗

[ Last edited by jyhou on 2009-3-14 at 17:11 ]
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4楼2009-03-14 17:08:53
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢，学习 3-14 20:38
引用回帖:
Originally posted by jyhou at 2009-3-14 17:08:
谢谢就是说这是理论加氢的方式，但也是是difference Fourier  加氢，是吗

[ Last edited by jyhou on 2009-3-14 at 17:11 ]

两种是不同的。
理论加氢的一般就不用DFIX 0.82了。
所以我判断你的说加氢是difference Fourier
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xi2004-emuch@163.com
5楼2009-03-14 19:22:10
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jyhou

铜虫 (小有名气)
谢谢
是不是水上的氢是difference Fourier  加氢，在精修时限制键长，固定温度因子。
而C和N上的氢是几何固定加氢，在精修时固定温度因子。是吗？
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6楼2009-03-15 08:03:45
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