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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教如何对转录组测序数据筛选靶基因的相互作用蛋白？
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lyq123456

新虫 (正式写手)

[求助] 请教如何对转录组测序数据筛选靶基因的相互作用蛋白？ 已有3人参与

做了转录组测序，目前已经找到了一个要做的靶基因，但是还想在转录组数据中找一个有显著性差异的，能与靶基因相互作用蛋白因子，请教各位老师有没有什么便捷的软件或者方法去筛选？一个一个去查功能太慢了。求高手指点！万分感谢！！！

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1楼 2018-03-18 11:58:11
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lyq123456

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 在水壹方 at 2018-03-19 00:17:47
做个蛋白组学，然后做关联分析

不是特别懂，能麻烦详细说一下吗？

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4楼2018-03-19 10:34:14
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普通回帖

Sunirl

新虫 (小有名气)
我也做了转录组，正在分析结题报告，一头雾水

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2楼2018-03-18 15:08:08
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在水壹方

新虫 (小有名气)
做个蛋白组学，然后做关联分析

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lyq123456
3楼2018-03-19 00:17:47
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lyq123456

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Sunirl at 2018-03-18 15:08:08
我也做了转录组，正在分析结题报告，一头雾水



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5楼2018-03-19 10:34:25
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的问题要分两个步骤。1.找出所有有显著性差异的，根据差异大小排序，然后找到一个cutoff,比如两倍。2.去数据库找到所有跟靶基因有相互作用的，做出第二个表。
然后比较两个表，找出共有的
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

lyq123456
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
6楼2018-03-19 22:01:41
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lyq123456

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-03-19 22:01:41
你的问题要分两个步骤。1.找出所有有显著性差异的，根据差异大小排序，然后找到一个cutoff,比如两倍。2.去数据库找到所有跟靶基因有相互作用的，做出第二个表。
然后比较两个表，找出共有的

第一个问题我已经解决了，现在的问题就是如何快速的在有显著性差异的数据库中找到相互作用的因子？

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7楼2018-03-19 23:13:02
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by lyq123456 at 2018-03-19 23:13:02
第一个问题我已经解决了，现在的问题就是如何快速的在有显著性差异的数据库中找到相互作用的因子？
...

取决于你的基因所在物种，如果流行的模式物种，很多数据。http://interactome.dfci.harvard.edu/
其他物种要看预测，具体你就要自己研究了
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
8楼2018-03-20 01:36:35
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安蓁宜_
gvv

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9楼2018-03-20 02:16:32
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lyq123456

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-03-20 01:36:35
取决于你的基因所在物种，如果流行的模式物种，很多数据。http://interactome.dfci.harvard.edu/
其他物种要看预测，具体你就要自己研究了...

好的，非常感谢！！！

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10楼2018-03-20 08:19:25
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