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majorbio

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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可以应用 STRING 数据库 (http://string-db.org/) 对差异基因进行蛋白互作网络分析, 同时也参考 HPRD
(http://www.hprd.org/)、biogrid(http://thebiogrid.org)、REACTOME(http://www.reactome.org)等数据库里的
蛋白互作网络关系。针对数据库中存在蛋白互作关系的物种,直接从数据库中提取出差异表达基因对应的互作关
系来构建网络;针对数据库中不存在蛋白互作关系的物种,首先应用 blastx 将差异表达基因序列比对到 string 数
据库中的蛋白序列上,然后构建蛋白互作网络。
获得蛋白互作网络关系后,利用 Cytoscape 软件(http://www.cytoscape.org/)对差异基因进行网络可视化。
统计差异基因互作关系网络的各种拓扑性质,如网络中各个节点的联通性(Degree),介数中心性(Betweeness) ,
亲密系数(Closeness)以及聚类系数(Cluster Coefficient),可以获得互作网络中关键节点。
11楼2018-03-20 15:33:44
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woogie

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

个人比较推荐String-db数据库,该数据库,可以输入基因或者蛋白名称,找到和它相关,比如PPI关系,甚至共表达关系都可以获得,并且可以直接绘制成网络图。
12楼2018-03-26 10:58:41
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dahonghua

禁虫 (初入文坛)

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13楼2018-10-11 09:15:26
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dahonghua

禁虫 (初入文坛)

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14楼2018-10-11 09:18:57
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