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新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
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虫号: 8325042
注册: 2018-03-20

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

可以应用 STRING 数据库（http://string-db.org/）对差异基因进行蛋白互作网络分析，同时也参考 HPRD
（http://www.hprd.org/）、biogrid（http://thebiogrid.org)、REACTOME（http://www.reactome.org）等数据库里的
蛋白互作网络关系。针对数据库中存在蛋白互作关系的物种，直接从数据库中提取出差异表达基因对应的互作关
系来构建网络；针对数据库中不存在蛋白互作关系的物种，首先应用 blastx 将差异表达基因序列比对到 string 数
据库中的蛋白序列上，然后构建蛋白互作网络。
获得蛋白互作网络关系后，利用 Cytoscape 软件（http://www.cytoscape.org/）对差异基因进行网络可视化。
统计差异基因互作关系网络的各种拓扑性质，如网络中各个节点的联通性（Degree），介数中心性（Betweeness），
亲密系数（Closeness）以及聚类系数（Cluster Coefficient），可以获得互作网络中关键节点。