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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 对接参数设置
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my_destiny

金虫 (小有名气)

[求助] 对接参数设置 已有1人参与

请教各位大神，在做分子对接前，对接参数应该怎么调节才能使同批阳性化合物的活性值与其打分值相对应？如果反复调节无明显改善，应该怎么办？
谢谢！
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1楼 2018-03-17 19:22:16
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 风中追风8 at 2018-03-27 15:40:34
嗯嗯，我就在使用薛定谔，不过计算的时间倒不是需要多长。
...

你用FEP＋模块？

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6楼2018-03-27 16:04:31
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沙漠猎人

版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
my_destiny: 金币+1, ★有帮助, 有帮助，可以更详细些 2018-03-18 12:36:23
不能只看对接的打分值，那个东西只能作为参考，要看具体的结合构象
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www.modekeji.cn
2楼2018-03-17 20:29:40
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风中追风8

新虫 (初入文坛)
用的什么软件呢？打分值不是评判的唯一标准，软件能不能提供结合能之类的信息呢？

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3楼2018-03-27 13:00:35
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 风中追风8 at 2018-03-27 13:00:35
用的什么软件呢？打分值不是评判的唯一标准，软件能不能提供结合能之类的信息呢？

其实多数对接打分就是根据结合能，当然是粗略的。
要算较准确的结合能也是有软件的，但计算量比较大，没有高配置的话，算一个可能就需要比较长时间。
目前最准的可能是schrodinger软件的FEP＋模块，但软件超贵，也需要有相应的计算资源。

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4楼2018-03-27 13:05:54
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