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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » ms 分子动力学统计性质时选用什么系综呢？
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jiaozihao

新虫 (小有名气)

[求助] ms 分子动力学统计性质时选用什么系综呢？ 已有1人参与

大家好！
      在用ms forcite模块做分子动力学模拟时，先选用了相关系综使系统已经达到了所需要的平衡态，然后在统计系统性质比如算自扩散系数、径向分布函数时，还需要另外选择系综作统计吗？这是依据什么来进行选择的呢？
     谢谢大家！！！！
     求助~~~~！！！！
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1楼 2018-03-17 09:55:24
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你算的这两个性质对系综都不敏感。可以用决定性的NVT，也可以用NVE。算输运系数不能用随机系综，例如由Langevin热浴实现的NVT系综。

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2楼2018-03-17 15:05:35
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jiaozihao

新虫 (小有名气)
谢谢您的回复！我可否再请教一下为什输运系数不能用随机系综呢？这种系综选取有什么要求吗？
麻烦您啦！！
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3楼2018-03-17 19:50:05
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaozihao at 2018-03-17 19:50:05
谢谢您的回复！我可否再请教一下为什输运系数不能用随机系综呢？这种系综选取有什么要求吗？
麻烦您啦！！

随机系综会扰动系统的动力学。如果系统已经达到平衡，一般用NVE系综算输运系数。如果是要算能量涨落之类（例如在计算热容时），那就必须用NVT或者NPT，而且对实现这些系综的算法要求还很高。例如Berendsen在此种情况下就不合适，而Nose Hoover（chain）就好些。

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jiaozihao
4楼2018-03-17 20:11:00
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jiaozihao

新虫 (小有名气)
嗯嗯^ω^谢谢啦！

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5楼2018-03-17 21:35:37
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无力的出口

新虫 (初入文坛)
楼主，我是分子模拟小白，想问一下你刚开始的时候都看的什么书籍或文献，我是做膜的。谢谢
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6楼2018-03-18 09:21:53
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jiaozihao

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by brucefan at 2018-03-17 20:11:00
随机系综会扰动系统的动力学。如果系统已经达到平衡，一般用NVE系综算输运系数。如果是要算能量涨落之类（例如在计算热容时），那就必须用NVT或者NPT，而且对实现这些系综的算法要求还很高。例如Berendsen在此种情 ...

您好！最后一个问题啦！^ω^我按照您说的，先用npt系综模拟达到平衡，之后用nve计算扩散性质以及径向分布函数。发现nve之后系统的平均压力p及温度T和之前平衡时的已经不一样了，那么此时得到的性质还能说是之前也就是平衡时温度和压力下的性质吗？谢谢！

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7楼2018-03-18 09:26:00
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jiaozihao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 无力的出口 at 2018-03-18 09:21:53
楼主，我是分子模拟小白，想问一下你刚开始的时候都看的什么书籍或文献，我是做膜的。谢谢

我也是刚接触的呀，几乎没有什么书，网上只有一些案例，我先按照那个些案例熟悉了一下软件之后就得看help文件自己摸索了(^_^)

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8楼2018-03-18 09:28:06
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