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Leslie_403

铁虫 (初入文坛)

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[求助] 真核基因的启动子调控区上游如何界定？实验困惑

请教各位大神：

本人初步做了些启动子方面的研究，但是门外汉，自己摸索的，一知半解。有几个问题，在这里跟大家请教一下：

（1）研究基因是从鱼类肝脏中获得的，在活体上其基因表达受细菌（或LPS）诱导，也可被环境污染物抑制表达；
（2）通过NCBI上已经公布的该基因的基因组DNA序列信息，向上克隆获得了5‘端上游大约2500bp长度的序列（以ATG为+1计算的），如何知道是否扩到头了呢？这个长度做一般的实验是否足够了呢？
（3）启动子跟所谓的上游调控区应该是两码事吧？我克隆得到的序列，也没预测什么启动子，直接拿软件预测了一下转录因子结合位点。
（4）将获得的2500bp上游序列，构建至双荧光素酶载体上，转染细胞（因为没有该鱼的肝细胞系，采用了鲤鱼EPC细胞），分别进行LPS或环境污染物刺激，但重组质粒的启动子活性均没发生变化，也就是说，跟活体上的基因响应结果不一致？这如何解释呢？应该怎么处理？

谢谢😊

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虫友问答-分子生物

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1楼 2018-03-16 13:33:50

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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

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启动子要么和转录因子结合调节下游基因的表达，要么启动子序列本身有外部因素响应元件，用相应的外部刺激才能调控下游基因的表达。你的启动子序列有类似细菌或者LPS响应元件吗？如果没有，第四个实验最多也就是检测下启动子的活性而已。如果你不能确定基因表达水平是直接受这种诱导所致。你这种现象可能是诱导或者环境污染物影响这个基因的转录因子表达，从而引起研究基因的表达水平变化。

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2楼2018-03-17 04:53:27

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Leslie_403

铁虫 (初入文坛)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2018-03-17 04:53:27
启动子要么和转录因子结合调节下游基因的表达，要么启动子序列本身有外部因素响应元件，用相应的外部刺激才能调控下游基因的表达。你的启动子序列有类似细菌或者LPS响应元件吗？如果没有，第四个实验最多也就是检测 ...

如何给金币？都忘记这回事了

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3楼2018-04-10 14:51:07

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