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ZEB1994

新虫 (初入文坛)

[求助] MS中如何用分子动力学模拟高分子聚合物溶液模型的粘度 已有1人参与

在MS的Amorphous Cell构建了高分子聚合物溶液的模型，并用分子动力学进行了平衡，再用Forcite的Shear模块做了剪切，发现该模块计算出的粘度和实际偏离很大，很多时候算出的均值还是负值。
后来用压力自相关函数对上述Shear模块得到的轨迹文件做了统计，算出的剪切粘度总算是正的了，但是发现计算出的粘度和统计的时间有很大关系，统计的时间每大一个数量级，粘度也跟着大一个数量级，这个统计的时间应该如何确定?（有人说好像是要根据松弛时间确定）
可能我计算粘度的方法可能也有些问题，望各路大神不吝赐教，感激不尽。
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ducisi1179

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1楼 2018-03-14 20:59:08
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ducisi1179

新虫 (小有名气)
送红花一朵
楼主你好，我也在做聚合物溶液粘度模拟。help文件里不是说shearing本身不就是非平衡MD吗？还有MS自带输出的体积粘度和剪切粘度单位是什么呀？
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7楼2020-12-02 20:02:03
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ZEB1994: 金币+19, ★★★★★最佳答案, 非常感谢点拨。 2018-03-15 15:56:46
第一，要画出跑动粘度对关联时间积分上限的函数图。第二，要做多次独立模拟做统计平均。我说的是压力自关联的方法。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2018-03-15 00:09:32
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ZEB1994

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-03-15 00:09:32
第一，要画出跑动粘度对关联时间积分上限的函数图。第二，要做多次独立模拟做统计平均。我说的是压力自关联的方法。

我去查了一些平衡MD自相关函数法计算粘度的文献，有一些弄明白了，算出来的数据也没这么离谱了，非常感谢。
但是一直不太明白为什么非平衡MD（L-E边界条件，可调节剪切速率）计算出来的结果很反常（波动很大，出现负值），和文献上差距甚大，如果您对这个有研究，还望点拨一下。
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3楼2018-03-15 16:02:10
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ZEB1994

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ZEB1994 at 2018-03-15 16:02:10
我去查了一些平衡MD自相关函数法计算粘度的文献，有一些弄明白了，算出来的数据也没这么离谱了，非常感谢。
但是一直不太明白为什么非平衡MD（L-E边界条件，可调节剪切速率）计算出来的结果很反常（波动很大，出现 ...

这个是动态MD算粘度时用到的L-E边界条件文献。
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  • 附件 1 : L-E边界条件.pdf
    • 2018-03-15 16:15:28, 508.5 K
4楼2018-03-15 16:15:48
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