24小时热门版块排行榜    

查看: 2932  |  回复: 7

2OLEGEND

新虫 (正式写手)

[交流] 如何实现在NVT或者NVE系综下升降温?

1,在NVT系综下,如何对体系进行降温,并控制降温速率呢?我先前在NVT, T = 3000K条件下计算了500000步,现在需要考虑降温度将为300K,并控制降温速率(100K/ps,timestep为0.1fs),运行270000步,在restart文件中该如何写呢?

fix 4 all nvt 3000K 300K 27000
run 270000

这样写貌似并不能控制降温速率,该结合哪些命令呢,希望各位大神告知!

2,同样的在NVE系综下,跟上述条件一样

fix 4 all nve
fix 5 all temp/berendsen 3000 300 27000
run 270000

这样写是不是只能在规定的时间内降温到目标温度,而没有控制降温速率?该如何控制呢?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
2OLEGEND: 金币+10 2018-03-23 11:33:12
你需要的是这个:
fix xxx all temp/rescale 1 3000.0 300.0 0.0 1.0

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2018-03-15 00:18:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2OLEGEND

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-03-15 00:18:42
你需要的是这个:
fix xxx all temp/rescale 1 3000.0 300.0 0.0 1.0

谢谢老师的回答!
再追加一句,使用fix xxx all temp/rescale 1 3000.0 300.0 0.0 1.0命令之后,使用run命令来控制速率。
run 270000,也就是100K/ps的速率降温,是这个意思吗?
3楼2018-03-15 10:33:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

送红花一朵
是的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2018-03-15 13:28:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
另外,你还是额外需要用fix nve提供积分操作,因为fix temp/rescale不积分。请仔细阅读这两个命令的手册。

忠告:至少仔细阅读一遍你的脚本中所用到的每一个命令的相关手册部分。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2018-03-15 13:34:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2OLEGEND

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by brucefan at 2018-03-15 13:34:28
另外,你还是额外需要用fix nve提供积分操作,因为fix temp/rescale不积分。请仔细阅读这两个命令的手册。

忠告:至少仔细阅读一遍你的脚本中所用到的每一个命令的相关手册部分。
...

嗯嗯,谢谢老师的回答。我看了一遍命令的含义,有些理解的不够深,所以会有疑问。
手册上说fix temp/rescale不能和fix nvt混合使用,只能和fix nve搭配使用。也就是说我先前的in文件中写了fix nvt,
再读restart文件时,需要将其改为fix nve+fix temp/rescale才能实现温度按速率降温?
谢谢您的回答!
6楼2018-03-15 18:10:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果之前有fix nvt ,只要 unfix它,再写后面的组合命令fix nve+fix temp/rescale即可。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2018-03-18 18:49:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
8楼2018-03-18 23:25:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 2OLEGEND 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 9/450 2026-11-15 02:04 by xSrQNSSjcgoX
[文学芳草园] 厉娜 +4 张丹枫1991 2026-11-09 6/300 2026-11-15 00:48 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 20:11 by KXypaGgBBlw7
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 SX5mJmPWDfOO 2026-11-13 3/150 2026-11-14 13:46 by KXypaGgBBlw7
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-13 23:37 by 6PrO1XyZ5URF
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-13 11:13 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 9/450 2026-11-13 11:02 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-13 10:55 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:31 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 11:25 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:09 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:30 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
信息提示
请填处理意见