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2OLEGEND

新虫 (正式写手)

[交流] 如何实现在NVT或者NVE系综下升降温?

1,在NVT系综下,如何对体系进行降温,并控制降温速率呢?我先前在NVT, T = 3000K条件下计算了500000步,现在需要考虑降温度将为300K,并控制降温速率(100K/ps,timestep为0.1fs),运行270000步,在restart文件中该如何写呢?

fix 4 all nvt 3000K 300K 27000
run 270000

这样写貌似并不能控制降温速率,该结合哪些命令呢,希望各位大神告知!

2,同样的在NVE系综下,跟上述条件一样

fix 4 all nve
fix 5 all temp/berendsen 3000 300 27000
run 270000

这样写是不是只能在规定的时间内降温到目标温度,而没有控制降温速率?该如何控制呢?
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
2OLEGEND: 金币+10 2018-03-23 11:33:12
你需要的是这个:
fix xxx all temp/rescale 1 3000.0 300.0 0.0 1.0

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2楼2018-03-15 00:18:42
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2OLEGEND

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-03-15 00:18:42
你需要的是这个:
fix xxx all temp/rescale 1 3000.0 300.0 0.0 1.0

谢谢老师的回答!
再追加一句,使用fix xxx all temp/rescale 1 3000.0 300.0 0.0 1.0命令之后,使用run命令来控制速率。
run 270000,也就是100K/ps的速率降温,是这个意思吗?
3楼2018-03-15 10:33:52
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

送红花一朵
是的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2018-03-15 13:28:16
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brucefan

专家顾问 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
另外,你还是额外需要用fix nve提供积分操作,因为fix temp/rescale不积分。请仔细阅读这两个命令的手册。

忠告:至少仔细阅读一遍你的脚本中所用到的每一个命令的相关手册部分。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2018-03-15 13:34:28
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2OLEGEND

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by brucefan at 2018-03-15 13:34:28
另外,你还是额外需要用fix nve提供积分操作,因为fix temp/rescale不积分。请仔细阅读这两个命令的手册。

忠告:至少仔细阅读一遍你的脚本中所用到的每一个命令的相关手册部分。
...

嗯嗯,谢谢老师的回答。我看了一遍命令的含义,有些理解的不够深,所以会有疑问。
手册上说fix temp/rescale不能和fix nvt混合使用,只能和fix nve搭配使用。也就是说我先前的in文件中写了fix nvt,
再读restart文件时,需要将其改为fix nve+fix temp/rescale才能实现温度按速率降温?
谢谢您的回答!
6楼2018-03-15 18:10:44
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brucefan

专家顾问 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果之前有fix nvt ,只要 unfix它,再写后面的组合命令fix nve+fix temp/rescale即可。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2018-03-18 18:49:17
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8楼2018-03-18 23:25:28
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