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effi903

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】优化构型

DMol优化完以后的文件夹下面的*.xsd是不是就是最后优化完的结构(更新过的)?我发现这个结构与hist.xsd轨迹文件中的最后一步构型不一样,坐标有差别,差别不大。这是我计算的问题呢,还是DMol就是这样?如果就是这样的话,我最后的结构应该用哪一个呢?是轨迹文件的最后一步还是*.xsd?请高手指教!

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 21:18 ]
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wanglianli136

铁杆木虫 (著名写手)


spur(金币+1,VIP+0): 3Q!!谢谢帮助! 3-11 16:57
轨迹文件是可以运动的,你播放到最后一步停止,最终状态就和你的xsd文件一样了
2楼2009-03-11 16:39:32
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effi903

铜虫 (小有名气)

我的就是轨迹文件的最后一步和xsd文件不一样啊。
3楼2009-03-11 16:48:20
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wanglianli136

铁杆木虫 (著名写手)


wuchenwf(金币+1):谢谢 O(∩_∩)O
有时候你的运动是倒着的!
4楼2009-03-11 20:29:53
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effi903

铜虫 (小有名气)

有个师姐用的也是DMol,也有我这个情况,难道其他人的轨迹文件的最后一步和xsd文件是一样的?从图上看没有什么区别,但是输出坐标看一下就有区别了。还有哦哦的运动不是倒着的。
5楼2009-03-11 20:45:02
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢 O(∩_∩)O
effi903(金币+2,VIP+0):谢谢 3-13 14:07
一般在计算结束后,软件会自动更新xsd文件。但为了确保正确,在几何优化或动力学之后最好还是这么做一下:打开xsd文件后,analyse->structure->update
这个updata是根据结果文件中的最终坐标值的进行,所以肯定是正确的
6楼2009-03-12 09:21:18
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