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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】优化构型
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effi903

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】优化构型

DMol优化完以后的文件夹下面的*.xsd是不是就是最后优化完的结构（更新过的）？我发现这个结构与hist.xsd轨迹文件中的最后一步构型不一样，坐标有差别，差别不大。这是我计算的问题呢，还是DMol就是这样？如果就是这样的话，我最后的结构应该用哪一个呢？是轨迹文件的最后一步还是*.xsd？请高手指教！

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 21:18 ]
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1楼 2009-03-11 16:27:00
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wanglianli136

铁杆木虫 (著名写手)
★
spur(金币+1,VIP+0): 3Q！！谢谢帮助！ 3-11 16:57
轨迹文件是可以运动的，你播放到最后一步停止，最终状态就和你的xsd文件一样了
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2楼2009-03-11 16:39:32
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effi903

铜虫 (小有名气)
我的就是轨迹文件的最后一步和xsd文件不一样啊。
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3楼2009-03-11 16:48:20
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wanglianli136

铁杆木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢 O(∩_∩)O
有时候你的运动是倒着的！
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4楼2009-03-11 20:29:53
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effi903

铜虫 (小有名气)
有个师姐用的也是DMol，也有我这个情况，难道其他人的轨迹文件的最后一步和xsd文件是一样的？从图上看没有什么区别，但是输出坐标看一下就有区别了。还有哦哦的运动不是倒着的。
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5楼2009-03-11 20:45:02
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢 O(∩_∩)O
effi903(金币+2,VIP+0):谢谢 3-13 14:07
一般在计算结束后，软件会自动更新xsd文件。但为了确保正确，在几何优化或动力学之后最好还是这么做一下：打开xsd文件后，analyse->structure->update
这个updata是根据结果文件中的最终坐标值的进行，所以肯定是正确的
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6楼2009-03-12 09:21:18
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