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赵浩然

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】有关动力学计算密度的问题

我建了一个周期性的结构,能不能用discover模块里的动力学,计算这个结构不同温度下的密度呢?

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 21:19 ]
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-11 16:31
discover模块里面可以计算周期性的结构,
也可以控制温度模拟,
不过注意它是基于力场,所以要去掉成键

至于密度,我想通过优化得到体积后是可以计算出密度的。
储氢家族欢迎储氢研究者!
2楼2009-03-10 15:29:55
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qasd

木虫 (著名写手)


zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 3-13 20:31
试试吧,不一定有适用的力场参数。
最好先算一个已知的确认一下
3楼2009-03-10 18:11:05
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赵浩然

新虫 (初入文坛)

假设我给出初始温度,和初始密度,还有最终温度,我能得到最终的密度么?
4楼2009-03-10 20:24:16
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qasd

木虫 (著名写手)

NPT可以,但是不一定对
5楼2009-03-10 21:30:25
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renwenpo

金虫 (小有名气)


wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*)谢谢,讨论! 3-11 16:31
我做过动力学计算,NPT系综,在输出文件里有密度,但需要跑较长时间的动力学,才能得到稳定的结果。
6楼2009-03-11 14:07:37
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赵浩然

新虫 (初入文坛)

Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
"dynamics \
    time = 5000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 298.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = anderse ..."

我运行的时候,出现这样的错误提示,是什么原因呢?是因为我建的体系,即使能量最低化之后,仍然能量过高么?
7楼2009-03-11 15:36:09
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-11 16:31
赵浩然(金币+1,VIP+0):谢谢您的热心帮助 3-11 19:29
赵浩然(金币+4,VIP+0):热心帮助 3-11 19:30
如果是动力学,继续minimize或者减小步长
8楼2009-03-11 16:25:11
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赵浩然

新虫 (初入文坛)

十分感谢qasd,也感谢其他帮助过我的人。但是还有一个问题,我能量最小化后,能量仍为
                                        Initial                        Final
                                        -------                        -----
   Total Potential energy          35846.240101                 29093.949973
是不是还是很高,还是可以继续动力学呢?
9楼2009-03-11 19:29:13
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qasd

木虫 (著名写手)


wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢您的热心帮助 3-12 21:30
试着做动力学,能做就做,做不了再minimize
10楼2009-03-11 20:53:50
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