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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】有关动力学计算密度的问题
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赵浩然

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】有关动力学计算密度的问题

我建了一个周期性的结构，能不能用discover模块里的动力学，计算这个结构不同温度下的密度呢？

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 21:19 ]
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1楼 2009-03-10 14:47:08
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-11 16:31
discover模块里面可以计算周期性的结构，
也可以控制温度模拟，
不过注意它是基于力场，所以要去掉成键

至于密度，我想通过优化得到体积后是可以计算出密度的。
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储氢家族欢迎储氢研究者！
2楼2009-03-10 15:29:55
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qasd

木虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 3-13 20:31
试试吧，不一定有适用的力场参数。
最好先算一个已知的确认一下
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3楼2009-03-10 18:11:05
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赵浩然

新虫 (初入文坛)
假设我给出初始温度，和初始密度，还有最终温度，我能得到最终的密度么？
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4楼2009-03-10 20:24:16
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qasd

木虫 (著名写手)
NPT可以，但是不一定对
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5楼2009-03-10 21:30:25
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renwenpo

金虫 (小有名气)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*)谢谢，讨论！ 3-11 16:31
我做过动力学计算，NPT系综，在输出文件里有密度，但需要跑较长时间的动力学，才能得到稳定的结果。
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6楼2009-03-11 14:07:37
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赵浩然

新虫 (初入文坛)
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
"dynamics \
    time = 5000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 298.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = anderse ..."

我运行的时候，出现这样的错误提示，是什么原因呢？是因为我建的体系，即使能量最低化之后，仍然能量过高么？
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7楼2009-03-11 15:36:09
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-11 16:31
赵浩然(金币+1,VIP+0):谢谢您的热心帮助 3-11 19:29
赵浩然(金币+4,VIP+0):热心帮助 3-11 19:30
如果是动力学，继续minimize或者减小步长
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8楼2009-03-11 16:25:11
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赵浩然

新虫 (初入文坛)
十分感谢qasd，也感谢其他帮助过我的人。但是还有一个问题，我能量最小化后，能量仍为
                                        Initial                        Final
                                        -------                        -----
   Total Potential energy          35846.240101                 29093.949973
是不是还是很高，还是可以继续动力学呢？
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9楼2009-03-11 19:29:13
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢您的热心帮助 3-12 21:30
试着做动力学，能做就做，做不了再minimize
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10楼2009-03-11 20:53:50
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