应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】有关动力学计算密度的问题
101/1返回列表
查看: 592  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

赵浩然

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】有关动力学计算密度的问题

我建了一个周期性的结构，能不能用discover模块里的动力学，计算这个结构不同温度下的密度呢？

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 21:19 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-03-10 14:47:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-11 16:31
discover模块里面可以计算周期性的结构，
也可以控制温度模拟，
不过注意它是基于力场，所以要去掉成键

至于密度，我想通过优化得到体积后是可以计算出密度的。
赞一下(10人) 回复此楼
储氢家族欢迎储氢研究者！
2楼2009-03-10 15:29:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 3-13 20:31
试试吧，不一定有适用的力场参数。
最好先算一个已知的确认一下
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2009-03-10 18:11:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵浩然

新虫 (初入文坛)
假设我给出初始温度，和初始密度，还有最终温度，我能得到最终的密度么？
赞一下 回复此楼
4楼2009-03-10 20:24:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
NPT可以，但是不一定对
赞一下 回复此楼
5楼2009-03-10 21:30:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renwenpo

金虫 (小有名气)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*)谢谢，讨论！ 3-11 16:31
我做过动力学计算，NPT系综，在输出文件里有密度，但需要跑较长时间的动力学，才能得到稳定的结果。
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2009-03-11 14:07:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵浩然

新虫 (初入文坛)
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
"dynamics \
    time = 5000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 298.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = anderse ..."

我运行的时候，出现这样的错误提示，是什么原因呢？是因为我建的体系，即使能量最低化之后，仍然能量过高么？
赞一下 回复此楼
7楼2009-03-11 15:36:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-11 16:31
赵浩然(金币+1,VIP+0):谢谢您的热心帮助 3-11 19:29
赵浩然(金币+4,VIP+0):热心帮助 3-11 19:30
如果是动力学，继续minimize或者减小步长
赞一下(12人) 回复此楼
8楼2009-03-11 16:25:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵浩然

新虫 (初入文坛)
十分感谢qasd，也感谢其他帮助过我的人。但是还有一个问题，我能量最小化后，能量仍为
                                        Initial                        Final
                                        -------                        -----
   Total Potential energy          35846.240101                 29093.949973
是不是还是很高，还是可以继续动力学呢？
赞一下 回复此楼
9楼2009-03-11 19:29:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢您的热心帮助 3-12 21:30
试着做动力学，能做就做，做不了再minimize
赞一下(10人) 回复此楼
10楼2009-03-11 20:53:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 赵浩然 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 086003调剂求助 +19 苏弋万 2026-04-09 20/1000 2026-04-09 20:48 by bljnqdcc
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +10 池池池池池池 2026-04-08 10/500 2026-04-09 17:10 by 独醉梦孤城
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-08 12/600 2026-04-09 14:27 by rl1980
[考研] 材料调剂 +14 一样YWY 2026-04-05 15/750 2026-04-09 13:36 by 故人??
[考研] 求调剂 +8 吃口冰激凌 2026-04-07 8/400 2026-04-09 08:03 by 5268321
[考研] 材料与化工专硕306分找合适调剂 +27 沧海轻舟e 2026-04-06 28/1400 2026-04-08 22:06 by wdyheheeh
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +10 vants 2026-04-05 11/550 2026-04-08 16:02 by screening
[考研] 285求调剂 +7 恶法大二的气味� 2026-04-05 10/500 2026-04-08 14:34 by zhq0425
[考研] 材料工程专业日语生求调剂 +9 111623 2026-04-07 9/450 2026-04-07 23:31 by 一只好果子?
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +5 一名26考研生 2026-04-04 5/250 2026-04-07 08:54 by 18828373951
[考研] 一志愿C9的化学工程（085602） 340分，感觉校内调剂无望，求调剂 +12 万事宜臻 2026-04-04 12/600 2026-04-06 07:46 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +7 张.1 2026-04-05 7/350 2026-04-05 20:40 by 啵啵啵0119
[考研] 308求调剂 +4 maverick^_^ 2026-04-03 4/200 2026-04-05 19:08 by 蓝云思雨
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-05 5/250 2026-04-05 17:38 by 蓝云思雨
[考研] 328分调剂 +6 门men 2026-04-04 6/300 2026-04-05 13:40 by imissbao
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 333求调剂 +12 wfh030413@ 2026-04-03 13/650 2026-04-04 21:02 by jj987
[考研] 本9一志愿2 0854低分专硕286求调剂 +9 芒种111 2026-04-04 9/450 2026-04-04 11:01 by tangruihua
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 本科985，专业0812分336求调剂 +4 莫莫很行 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:31 by zhq0425
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭