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hiwin

铁虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

[交流] 【求助】Amber，DNA体系，运算时间

听人说Amber是做DNA体系模拟的首选，但从没用接触过Amber，这里都是内行，有几个问题想咨询下各位，请帮忙解答一下，多谢多谢。

目前的设想是想用Amber做DNA与蛋白间结合的模拟：

1、Amber是否能够用于这种体系的模拟和结构优化？相比其他软件来说，Amber具有什么优势?

2、如果优化一个2万分子量左右的DNA结构，运算大约需要多长时间呢？

用来计算的机器CPU和内存配置如下：

intel Xeon 5410 2.33G X 2 （单颗4核心，缓存12M，共8核心）
内存DDR2 667 8G

谢谢各位，期待您的解答。

[ Last edited by hiwin on 2009-3-10 at 10:09 ]

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