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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】Amber，DNA体系，运算时间
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hiwin

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】Amber，DNA体系，运算时间

听人说Amber是做DNA体系模拟的首选，但从没用接触过Amber，这里都是内行，有几个问题想咨询下各位，请帮忙解答一下，多谢多谢。

目前的设想是想用Amber做DNA与蛋白间结合的模拟：

1、Amber是否能够用于这种体系的模拟和结构优化？相比其他软件来说，Amber具有什么优势?

2、如果优化一个2万分子量左右的DNA结构，运算大约需要多长时间呢？

用来计算的机器CPU和内存配置如下：

intel Xeon 5410 2.33G X 2 （单颗4核心，缓存12M，共8核心）
内存DDR2 667 8G

谢谢各位，期待您的解答。

[ Last edited by hiwin on 2009-3-10 at 10:09 ]
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1楼 2009-03-10 09:55:26
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 3-10 23:41
虽然我没用过Amber，但我知道Amber就是用来做这个的，优化和模拟没问题。Amber是商业化软件，应该说可信度和稳定性都比较好吧。

2万分子量很小啊，原子个数只有几千吧，对于分子动力学来说太小意思啦，很快就能跑完。。。
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2楼2009-03-10 10:46:58
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hiwin

铁虫 (初入文坛)
谢谢recoli的解答。
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3楼2009-03-10 11:43:24
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-10 23:42
amber计算比较准确，重现性较好，但速度稍慢，8个核并行，几千个原子，应该要不了多长时间的。
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4楼2009-03-10 13:04:49
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-11 09:24
AMBER做模拟的DNA有绝对的优势的，在你比较了N个七七八八别的力场之后，会发现AMBER怎么就这么好啊，但是有机小分子的处理很麻烦，相当麻烦。
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5楼2009-03-11 09:03:49
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hiwin

铁虫 (初入文坛)
谢谢各位的耐心解答，lvyanniwin，你这么一说我心里就有底啦。
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6楼2009-03-11 09:07:46
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢你参与讨论！ 3-11 20:38
用amber能处理这样的体系，优化的时间取决于你设置的步数
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7楼2009-03-11 09:33:19
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